在《明良论》《乙丙之际箸议》等著名的政论文章中，龚自珍对腐朽黑暗的现实进行了深刻的揭露和批判。在《平均篇》中，龚自珍说“小不相齐,渐至大不相齐,大不相齐,即至丧天下”，残酷地指明了贫富不均所造成的社会败坏及其危险后果。为了平均富贵，不至天下沦丧，他提出了“均田”的改革主张，要求“贵乎操其本源，与随其时而剂调之”。在《尊隐》篇中，龚自珍隐晦曲折地表达了对农民起义的大胆想象和热情颂扬，表达了对未来时代的巨大变化的坚定向往。由于时代的局限，他的均田理想是无法实现的，龚自珍在认识到这一点后，在其《农宗篇》中提出了新的土地主张。他主张按宗法分田，大宗分得100亩，小宗、群宗得25亩，其余闲民作佃农，以此达到“以中下齐民，不以上齐民”的目的，最终建立起以中小地主为基础的封建统治秩序。
30岁前后，是龚自珍的思想转变期。一方面，他对正统的考据学进行了严厉的批判，并将其坚决抛弃，开始亲近今文经学，就如他在诗中所说，“从君烧尽虫鱼学，甘作东京卖饼家”。他师从经学家刘逢禄，深受《春秋》公羊学派的影响，这对他后来的思想产生了很大的影响。另一方面，他也对考据学的有用的部分进行了肯定，并对今文经学杂以谶纬五行的“恶习”进行了批判。综合这些，龚自珍倡导学术要为现实政治服务，主张“经世致用”。这一思想成为当时清代文人，以及之后相当长一段时间内的知识分子的普遍思想认识。
在“经世致用”观念的引领下，龚自珍开始更加自觉地在学术研究与现实社会问题之间建立起密切的联系，他的研究课题也更为广泛、全面。他“为天地东西南北之学”，潜心于地理学研究，特别致力于当代的典章制度和边疆民族地理。对此，他动笔撰写《蒙古图志》，讨论国家边疆问题，又著有《西域置行省议》和《东南罢番主张》，对抵抗外国资本主义侵略和巩固西北边疆提出了积极的建议。
龚自珍在天当地万物和社会文化的起源于发展问题上，也有独到的看法，这源于他生活经验和历史知识的增长，以及他政治、学术思想的逐步成熟。他将小学、经史、百家、舆地以及当代典章制度的研究统一于一体，形成了一个相当完整的历史观。《古史钩沉论二》中他说道：“周之世，官大者史。史之外无有语言焉；史之外无有文字焉；史之外无人伦品目焉。史存则周存，史亡而周亡。”这个看法里包含了前辈章学诚“六经皆史”的影响，但明显比章学诚的学说更加博大、通达和完成，更具有科学性和战斗性。基于他的历史观，他将古代一切历史文化的功与罪，都完全归结到史官身上，他自身更以当代的史官，即历史家自任。在龚自珍看来，史官是一个可尊的群体，因此他们能站在历史的高度，站得高看得远，得以从全局着眼，对现实政治社会做出客观、公正的批判。这一论断，实际上是将历史与现实政治社会问题联系了起来，也就是将历史与他重视的“当今之务”相连。
在吸收《春秋》公羊学派变化的观点、发展的观点的前提下，龚自珍在“尊史”的口号下，对腐朽的现实政治社会作出了全面的批判。在批判的同时，他更对自己关注的现实政治社会的重大问题提出建议。在道光9年名为《对策》的殿试中，龚自珍充分肯定了经史的作用，指出经史的作用要以现实问题为依据，提出“不通乎当世之务，不知经史之施于今日之孰缓、孰亟、孰可行、孰不可行也”的观点。他还对自己特别关心的西北边疆和东南海防问题，向道光皇帝提出了真诚急切的建议。他希望皇帝能够“益奠南国苍生”，“益诫西边将帅”，以安定边境，保全国家。
