由于资本主义的兴起和发展，欧洲发生了规模巨大的宗教改革运动，基本上结束了教会的至高无上的统治，哲学遂逐渐从宗教神学中分离出来而成为独立的学科。近现代哲学的特征之一是哲学与宗教、思维与信仰基本上处于分离对立的状态。近代哲学的第一个代表人物法兰西斯·培根明确主张哲学应当与神学分离，认为理性真理与启示真理各有其独立的领域。近代哲学中诚然有许多体系都渗透着宗教神学，但哲学与神学相比，思维与信仰相比，大体上是前者占主导地位，它们所讲的宗教和神大多理性化了或人本化了：笛卡尔抛开一切外在权威，以思维为他的哲学的最高原则和出发点，他所讲的神是建立在思维、推理的基础之上的；洛克等人的自然神论是理性的宗教，在当时条件下是一种摆脱宗教的简便易行的方式，自然神论者的神必须按照理性或自然规律行事；莱布尼茨的神也只能服从理性的规律，与自然神论者的神有相近之处；康德所主张的神不过是理性的理想，是实践理性的公设，他所讲的信仰是建立在理性的、道德的基础之上的；黑格尔企图调和宗教和哲学，但他主张哲学高于宗教；至于斯宾诺莎的神，则不过是披着泛神论外衣的自然之整体，是形而上学地改了装的、脱离人的自然，他的思想，实质上是反宗教的；休谟公开对神的存在持怀疑态度，认为神的存在是无法像唯理论者那样用理性来证明的，他所主张的宗教只是出自人们生活和感性的需要；18世纪法国唯物主义者更进而达到了公开的无神论和反宗教的结论；费尔巴哈（LudwigAndreasFeuerbach，1804—1872）把批判宗教作为自己哲学的一个重要组成部分，他所提倡的“爱的宗教”根本不同于信仰神的宗教。
西方近代和现当代哲学在与科学的关系方面也表现了一些特点。近代自然科学随着资本主义的发展，越来越摆脱神学而取得独立的地位。近代和现当代哲学与科学之间的关系不同于古希腊，哲学不是与科学合为一体，而是与科学有了明确的分工，也就因为这个缘故，哲学思想便主要地不是寓于其他具体科学（包括伦理学、政治学等）的内容之中，不是寓于感性的、表象的材料之中，而是通过专门的哲学概念来表达。不过近代和现当代哲学与科学之间又仍然保持着紧密的联系，而且这种联系越来越紧密，可以说，近代和现当代哲学发展的阶段性是与近现代科学发展的阶段性相适应的：17—18世纪，自然科学进入了对自然界进行分门别类的研究和对各种事物进行分析解剖的阶段，它所采用的方法主要是以实验和观察为基础的归纳法和数学演绎法；和自然科学的这种状况相适应，17—18世纪的哲学便以形而上学思维方式占主导地位。康德的星云假说打开了形而上学思维的第一个缺口，18世纪末19世纪初自然科学中的新发现和新成就都表明自然界的现象是辩证地发生的，过去那种机械的、形而上学的观点动摇了，自然科学的这种状况反映在哲学上便是从康德到黑格尔的德国古典唯心主义哲学的辩证法形态。从古希腊的素朴辩证法形态经过17—18世纪形而上学思维方式的阶段到德国古典唯心主义辩证法的形态，这一哲学上的否定之否定的过程，是和整个西方自然科学发展的过程相并行的。正因为近代哲学与科学有极其密切的联系，哲学对科学的方法做了概括，接受了科学方法的洗礼，所以近代哲学一般地说也很强调方法，既讲究形式逻辑，又联系科学所提供的事实，具有重分析、重体系、重论证与论据等特点。现当代西方哲学中的两大思潮科学主义和人文主义以不同方式表现了哲学与现当代科学技术的高度发展和深刻联系。科学主义各流派主要以研究科学方法论、认识论和科学规律性为己任；人文主义各流派一般反映了现当代科学技术和物质生产高度发展所带来的关于人本身的问题。
2.思维与存在、主体与客体的关系问题
