朱熹发展了程伊川的思想，而成为宋明理学中理学一派之完成者。他更明确地主张并论证了“理在事先”。这里的“在先”相当于西方哲学所讲的“逻辑在先”，也就是说，“理”是事物的根本、根据或者说先决的前提。朱子强调“理”与“气”、“形而上”与“形而下”的区分，并认为前者是本：“理也者，形而上之道也，生物之本也；气也者，形而下之器也，生物之具也。”[54]朱子所谓“理”的主要内容仍然是指封建道德准则，“理在事先”的主要意思就是把封建道德之理视为事物之本，视为天经地义，故又叫“天理”。“天理只是仁义礼智之总名。”[55]朱子认为理与气合则生人，体现于人中之“理”就是人之“性”，故人性中之道德意识皆禀受于“天理”，——禀受于天地万物之本，这也就是朱子的天人相通、天人合一的思想之要旨。“天理”为气禀——私欲所蔽，则产生恶；修养就是要去人欲，存天理，以达到“与理为一”[56]的一种天人合一的道德境界。“与理为一”就是使“天理”完全地体现于具体的人。中国儒家传统的天人合一和以“天理”宰制人欲的思想在朱子这里可算是融合成了一个完备的哲学体系。朱子明确区分形而上之理与形而下之气并以前者为根本的思想与论述，包含有区分思维与存在、主体与客体的思想因素，但远未达到西方近代哲学中主—客二分的思想水平，亦乏“主体性”原则，颇与柏拉图的“理念论”相近，似与之处于同一思想水平。当然，朱子哲学中所包含的关于对自然的认识的思想，仍然是值得我们发掘的。朱子也注意到知行关系，认为知在行之先。
与朱子同时而另立理学中心学一派的人物是陆象山。陆象山主张“心即理”[57]，认为“宇宙便是吾心，吾心即是宇宙”[58]。这是与朱子不同的另一种天人合一观：朱子的天人合一是形而上的“天理”体现于人；陆象山的天人合一是人心即天理；天理“非由外铄”[59]，不假外求。陆象山认为人之本心虽然即是宇宙，但“愚不肖者”却“蔽于物欲而失其本心”[60]，而修养的目的就是要存心去欲，以回到心“与天同”[61]的天人合一境界。陆象山所讲的天理、人心，其内容就是封建的仁义道德，较之朱子，可以说几乎全无自然法则的含义，所以他的天人合一也是一种以封建道德之“天理”压制人欲的思想。陆象山虽然也反对朱子的天理人欲之辨，但他的主要意思是：朱子在他看来是以天为理，以人为欲，把形而上的天理与形而下的人心、人欲分离为二，而他自己则主张天人非二，天与人并不分居于形而上与形而下两个世界之中，至于陆象山之主张以天理压人欲的基本思想却与朱子并无二致。不过陆象山强调“心”的主动作用，这一点对于否定外在权威而言又有一定的积极影响。
南宋初期的陈亮、叶适都反对朱子的形而上之理，主张道在事物之中，同时也强调“事功”，注重实用。他们所讲的“道”或“理”，其内容既有封建道德的基本准则，也有自然事物之法则。叶适反对理学所讲的天理人欲之辨，认为“以天为无妄”、“以天理人欲为圣狂之分”，是“择义未精”[62]。这是对儒家传统以封建道德之“天理”压制人欲思想的直接批判。
