玄学创始人何晏、王弼祖述老庄，“以为天地万物，皆以无为为本”[26]，而且有生于无。王弼认为万物皆自然而然，这就是“无为”；只要顺其自然，则“开物成务，无往而不存”，这就是“无之为用”[27]，也就是“无不为”。王弼有调和名教与自然的思想，他认为“无”或自然是本，名教是末，不应该用名教去强制自然之本性，只可顺应自然之本性，用自然统率名教，故圣人只需顺应百姓之自然；“因俗立制，以达其礼”，百姓即可“自求多福”，而无需圣人强求。王弼的这种思想虽然是想调和名教与自然，但重点是强调自然，显然不同于儒家正统以封建道德的义理之“天”压人的观点。王弼还提出了“圣人体无”和“得意忘言”说，认为作为万物之本的“无”，无言无象，仅用言象不能把握“无”的意义，圣人只可通过直观去体验“无”，以达到与“无”同体或“与道同体”的天人合一境界。王弼过于重视对“无”的体验——过于重视对“无”“用智不及无知”[28]，因而忽视自然科学的知识。
玄学的自然主义思想发展到极端，就成了阮籍、嵇康“越名教而任自然”[29]的立论根据，他们都以放达不拘名教为高，打击了儒家以“天”压人的传统。
裴反对“贵无”，主张“崇有”，认为“有”是万物之本，无不能生有，如贵无贱有则必“遗制”、“忘礼”，而“礼制弗存，则无以为政”[30]。裴一则从反面告诉我们，贵无必包含或导致对名教的轻视；一则表明他自己之所以崇有，是为了巩固儒家的名教。
郭象与裴相似，也否认“有生于无”，否认有意志的“真宰”，但郭象主张“物各自生”，“无故而自尔”[31]，即是说，各物皆自然如此，而无所待、无所据，这就叫作“独化”。郭象认为人只要能领会到每物皆“自足其性”，则可以“独化于玄冥之境”，亦即“彼我玄同”[32]、万物一体的天人合一的境界。郭象比王弼更进一步，认为名教即自然，自然即名教，遵名教即顺应自然。道家的自然主义思想在郭象这里被儒家化了。
东晋南北朝时期，佛教在中国日益流行，但它必然与当时占统治地位的玄学相结合。佛教中大乘空宗关于一切皆空的理论与玄学“贵无”的理论有近似之处，于是玄学所集中讨论的有无问题和佛教所集中讨论的空有问题成为当时互相影响的共同焦点。
东晋僧人慧远对儒道本有研究，出家后又研究佛教。慧远发展了“本无”的思想，认为“神”（精神）不生不灭，为化生万物之根本，即所谓“神也者……感物而非物，故物化而不灭”[33]。只有“悟彻者”才能“反本”，达到与“神”为一体的天人合一境界；一味“逐物”的人，则是“惑理者”[34]。佛教理论本身原不合儒家的人伦道德观念，本应导致“不敬王者”的结论，但慧远却制造了一套“释迦之与尧孔，发致不殊”[35]的理论，以迎合儒家正统思想。
