秦汉时期的哲学。董仲舒在秦汉之际阴阳五行学说混入儒家思想的历史背景下，提出了天人相类的天人合一即“天人感应”说。他说：“天亦有喜怒之气，哀乐之心，与人相副。以类合之，天人一也。”[18]“天人之际，合而为一。”他认为“天”是“百神之大君”，[19]“天”有意识地创造万物：“天者，群物之祖也。”[20]他以阴阳五行学说论证天有意志。他认为人本于天，人副天数，人之身像天容，发像星辰，耳目像日月，鼻口呼吸像风气。他说：“王道之三纲，可求之天。”[21]“道之大原出于天，天不变，道亦不变。”[22]天意还可以灾异“谴告”人。这是一种最明确地以“天”压人的学说。
两汉时期，阴阳家与儒家几乎合为一体，天人感应、谶纬思想占统治地位，但阴阳家的学说中亦有科学萌芽。
西汉末年，扬雄一方面批判了谶纬思想，并认为阴阳家之言不合于圣人，企图使儒家思想脱离阴阳学说；一方面又称道老庄，吸取了道家的某些思想。但他仍以儒家为主导，以孔子为正宗，尝自比于孟子。扬雄认为“玄”是万物的本原。他强调道德修养，但也注意到知识的重要性。他既肯定历史的继承性，也肯定改革的必要性，认为“可则因，否则革”。
后汉时期，谶纬之学仍然盛行，但道家的自然主义也开始有所发展。王充在此背景下吸取道家自然主义的观点，批判了天人感应、谶纬思想和阴阳学说。王充强调自然无为，认为“元气”是天地万物之本原，万物非有意志的“天”所创造；他反对董仲舒等人所说的有意志的“天”为人之本原的天人合一观点。他说：“儒者论曰，天地故生人。此言妄也。夫天地合气，人偶自生也，犹夫妇合气，子则自生也。”[23]王充的这种思想对儒家以“天”压人的思想是一个冲击。王充继承和发展了桓谭的形神学说，认为“人之所以生者，精气也，死而精气灭。能为精气者，血脉也，人死血气竭，竭而精气灭”。“天下无独燃之火，世间安得有无体独知之精。”[24]这是说，精神不能离开肉体，心不能离身。但王充又说：“人之精神藏于形体之内，犹粟米在囊橐之中也。死而形体朽，精气散，犹囊橐败穿，粟米弃出也。”[25]王充在这里似乎又把精神看作是可以离开形体而独存的实体，这就使王充的哲学多少包含有身心二元或主—客二分的思想。王充认为，要求得知识，首先要通过感觉器官与外在的对象相接触，他以此而反对“生而知之”。王充重视“效验”，同时也重视“心意”。王充的认识论与方法论颇有些科学精神。王充反对复古主义，主张今胜于古，他甚至问孔刺孟，反对儒家的礼教。
魏晋南北朝时期的哲学。东汉末年，掺杂了阴阳、谶纬之学的儒家思想发展到了荒诞烦琐的地步，与之相反的道家自然主义和抽象的思辨哲学渐占优势，至魏晋南北朝时期，道家学说更为盛行。当时的玄学家们大多以儒家思想与道家思想相混合，《老子》、《庄子》、《周易》成为玄学家们所着重讨论的三本主要著作，即所谓“三玄”。玄学家不像西汉时期的儒家那样主要讲关于具体的宇宙万物之形成的宇宙论，而着重讲抽象的本体论。
