明清之际开始兴起了反对天人合一、反对以天理压人欲、反对偏重人伦道德之研究，而转向主—客二分和主体性思想、转向重人欲和个性、转向重自然知识的新思潮，自明清之际到“五四”运动的中国近代哲学史（严格意义下的近代哲学应是从鸦片战争开始）可以说是一部打破中国几千年来旧的哲学传统特别是儒家传统，并进而向西方召唤主体性、个体性和科学精神的历史。“五四”运动使中国近代哲学史达到了西方哲学史上文艺复兴的水平。
王船山反对有离气而独存的形而上的理，认为“气者理之依”[78]。他指出：“天下惟器而已矣。道者器之道，器者不可谓之道之器也。”[79]王船山据此而主张“天理”即在人欲之中，反对离人欲而独存的形而上的“天理”。他认为“不离人而别有天”，“不离欲而别有理”[80]。他有很多天人合一的思想，并着重从存在论上讲天人合一。“天人之蕴，一气而已。”“天与人异形离质，而所继者惟道也。”[81]但他在认识论上却明确论述了“能所”的观点，“能”就是主体的认识作用，“所”就是被认识的客体、对象。他的“能所”说是中国哲学史上第一次比较明确的主—客二分的主张。他据此而讲了一套比较详细的认识论，强调“即事以穷理”，反对“立理以限事”[82]，尤其反对“主静”。他的这些思想对发扬科学精神有积极的影响。王船山从认识论的角度出发，批评了王阳明一味从道德观点出发的知行合一说是“以知为行”、“销行归知”[83]。他还批评了朱熹的知先行后说，主张行在先，可见在认识与实践的关系问题上，王船山有重实践的思想。
颜元以“气”为宇宙之根本，主张“理气融为一片”[84]，“理气俱是天道”[85]，反对朱熹的“理在气先”的形而上学。他攻击整个宋明理学之“主静空谈”，提倡“事物之学”，主张动手做实事，求得具体知识。
戴震主张“气化即道”，“气”之变化过程的条理就是“道”，就是“理”，这“理”也是事物之间的区别，不同的事物有不同的“理”，他否认有超越一切事物之外的形而上的理。他认为理即在欲中，主张“达情遂欲”。他猛烈攻击了以“天理”灭人欲的儒家传统特别是朱熹的理学：“人死于法，犹有怜之者；死于理，其谁怜之！”[86]戴震还有比较系统的认识论。他说：“味与声色不在我，接于我之血气，能辨之而悦之；……理义在事情之条分缕析，接于我之心知，能辨之而悦之。”[87]戴震在这里把物与我区分得非常明确，认为知识来源于物我相接。戴震的这种主—客二分的思想与王阳明的物我合一、天人合一正好形成一个鲜明的对比。戴震的全部认识论就是建立在物我二分即主—客二分的思想基础之上的，他也因此而注重“为学”、求知。不过戴震也有受理学影响之处，他认为“心之于礼义，一同乎血气之于嗜欲，皆性使然耳”[88]。
鸦片战争前后，在西方帝国主义压迫下，出现了龚自珍、魏源这样的反对顽固守旧势力、主张富国强兵的思想家。龚自珍反对把形而上的“道”或“太极”看成是万物之主宰，认为“我”或“心”是一切的动力，他有模糊的主体性思想。魏源攻击传统的天人合一、万物一体之说是“上不足制国用，外不足靖疆圉，下不足苏民困”[89]。他强调“事必本夫心”，而“善言心者，必有验于事”，“善言我者，必有乘于物”[90]。魏源的这些论述表明他区分“物”与“我”、“事”与“心”的主—客二分思想。他强调“经世致用”，学习西方的科学技术，以达到富国强兵的目的。但魏源仍未摆脱儒家的仁义道德源于“天命”的观点。
洪秀全开始向西方寻找真理，他利用基督教关于在上帝面前人人平等的思想，为打倒封建神权、打倒皇权、打倒孔孟之道，进行了坚决的斗争，在向西方近代哲学召唤主体性的中国近代哲学史上有其一定的地位。
