第三，制度的落实缺乏权威性。制度的效力在于实施执行。但由于缺乏必要的保障监督措施，缺乏完善的违规后的惩戒制度，或者很少落实惩戒规定，使得高校党的一些制度流于形式，效果很不理想。结果导致部分领导干部在权力分配、权力制约体制、权力运行机制方面实行个人专断，搞“一言堂”，部分党委把党的制度视作“橡皮筋”，执行上表现出很大的主观随意性。
第四，制度的运行缺乏可操作性。当前在高校一些党组织内部和一部分党员干部心目中，党规党纪和党的各项制度，还只是写在文件中、停留在会议上和领导者的报告里，而真正用来指导行为的则是各种“潜规则”，这在很大程度上就与制度缺乏可操作性有关。比如，在现有的集体领导制度、干部选拔任用制度、党内监督制度中，原则性规定多，而具体的实施细则少。这样在制度的运行中就容易产生“潜规则”，阻碍党内民主生活的健康发展。
第五，制度的完善存在滞后性。制度的设计、制定、落实、运行是一个封闭的系统，它的成效需要在实践中检验并根据检验的结果加以修改和完善。但目前这项工作还存在严重缺失。比如，在保障教职工民主权利方面如何发挥党代会、教代会的积极作用，在执行决策机制方面如何防止“一把手”的擅权、专权等，相关制度建设还滞后于实际需要。此外，由于缺乏应有的程序和规范性，也造成一些制度的“空转”或低效率。
总之，制度创新是高校党的制度建设的永恒主题，是促进高校党建科学化的核心工程。当前高校党的制度创新的紧要工作，就是要努力实现从重要素建设向重体系构建的转变。任何一项制度的功能，都要在设计严密的制度体系中才能得以充分发挥。在实践中，一些制度从个体角度看可能是合理的，但由于缺乏相关制度的配套支持，它就无法发挥应有作用。从这样的角度来看，就不难理解现实中为什么会出现如此奇怪的现象：一方面是新制度不断出台；另一方面是新制度出台后热闹一阵就归于沉寂。这种“头痛医头、脚痛医脚”的做法必须纠正，否则就根本谈不上增强高校党建科学化的问题。
二、以科学发展观指导高校党的制度创新
科学化的实质就是按照客观规律办事。推进高校党建的科学化，关键是要更加自觉地把握和运用马克思主义执政党建设规律和我国高等教育发展规律，更加自觉地遵照科学发展观的要求，研究新情况、解决新问题、创造新经验，努力在以科学理论指导党的制度创新、以科学方法推进党的制度创新上见到实效。
（一）坚持以科学理论指导高校党的制度创新
提高党的制度建设科学化水平，突出标志和首要任务就是以科学理论指导党的建设，也就是要更好地用马克思主义及其中国化最新理论成果指导党的建设。一方面，高校党组织要在马克思列宁主义、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系的指导下，认真总结党的建设的历史经验特别是改革开放以来保持共产党员先进性教育、学习实践科学发展观、开展创先争优活动的新鲜经验及其规律性，坚持以理论创新推动制度创新，不断提升高校党的制度建设的科学化水平。
另一方面，高校党组织也要从实际出发，紧紧围绕“建设什么样的党、怎样建设党”这个中心问题，与时俱进，开拓创新，不断丰富和完善高校党的建设理论体系。要集中思考高校党的制度建设中的一些重要课题，诸如怎样进一步明确高校党委权责和职能，加强和完善党对高校的领导体制，充分认识和发挥高校党委在现代大学制度中的地位和作用；怎样围绕学校的中心任务，以人为本，转变观念，优化制度，创新党的活动方式和工作方式；怎样正确处理行政权力、学术权力以及社会权力的关系，实现高校党的建设的程序化制度化等，为提升高校党的制度建设科学化水平提供理论指导。
