新中国成立初期，党在高校的任务是接管、恢复和整顿旧大学，创建发展新大学。1952年，经过全国高校院系大调整，一大批高校应运而生，高等教育事业迅速发展，党在高校的领导也得到进一步加强。1958年9月，中共中央、国务院在《关于教育工作的指示》中明确规定：“在一切高等学校中，应当实行学校党委领导下的校务委员会负责制。”从而确立了党组织在高校工作中的领导核心地位。为配合全党的整风运动，1957年高校也普遍进行了一次整风运动，尽管这次整风是以“反右”为目的，现在看来也许并不可取，但在当时确实解决了不少问题，特别对加强党在高校的领导起到了很好的作用。20世纪60年代初，高校开展了社会主义教育运动，组织广大师生到农村，与农民同吃、同住、同劳动。北京师范大学有2000多名师生参加了社会主义教育运动，并在这次运动中评选出了五好队员和积极分子367人。这一时期高校在党委的领导下，密切党群关系，积极推进高校党组织的自身建设，健全了政工机构，建立了学生政工干部队伍，并通过大规模的教育活动与经常性的政治学习相结合的方式，建立了大学生的思想政治教育新体系。各高校逐步开设了马克思主义理论课，帮助学生端正政治方向，树立科学的世界观和革命的人生观，在教育革命中积极贯彻党的教育方针，实行教学、科研、生产三结合。“**”时期，“左倾”思潮严重泛滥，高校成为“重灾区”，高校党建工作受到致命的冲击。“文革”后期虽然也规定了学校实行党的一元化领导，但实际权力机构是“革命委员会”，党组织很难发挥作用，高校党的领导名存实亡，高等教育事业也遭受了不可估量的损失。
这一时期高校党建的特点，一是全面加强了党对高校的领导，在各类高校中确立了党组织的领导核心地位，不断扩大巩固了党在高校的思想和组织阵地；二是加强政治学习，通过知识分子思想改造运动、土改运动、抗美援朝运动、整风运动、社会主义教育运动等各种政治运动对广大师生进行思想教育；三是由于受整个政治形势的影响，高校普遍出现了党政不分、以党代政的状况。
（四）从改革开放后的恢复重建到新时期的创新发展（1976—2011年）
“文革”结束后，邓小平同志提出教育战线拨乱反正的任务。1978年10月，邓小平指导修订了“高教六十条”，颁布了《全国重点高等学校暂行工作条例》（试行草案），规定高校实行党委领导下的校长分工负责制。这一时期，学校在党委的领导下，开始了拨乱反正，正本清源，全面贯彻党的教育方针，加强思想政治工作，重建思想政治工作队伍，加强马克思主义理论教育，使高校工作出现了稳定团结的局面。20世纪80年代中期，在改革开放的浪潮中，出现了严重的资产阶级自由化思潮，党的建设遭到严重挫折。在党组织建设方面，1985年颁布的《关于教育体制改革的决定》规定：“学校逐步实行校长负责制。”这本是对高校领导体制的有益探索，却被理解为要弱化党的领导，甚至不要党的领导。
