抗日战争时期，中共坚持灵活多样的建党和党员发展策略。在根据地高校，中共采用完全公开的建党方式，由中共中央直接领导。这一时期，在延安地区就先后扩建和新办了各种新型学校10余所，比较出名的有抗日军政大学、陕北公学、延安大学等，这类学校受党的直接领导。在国统区高校，中共大多采用半公开的建党方式，由中共各地方局具体负责。1940年12月，中共中央责成中央青委在重庆召开国统区青年工作会议，会议传达了毛泽东“隐蔽精干、长期埋伏、积蓄力量、以待时机”的16字方针。自此，党在国统区各校的工作，由大规模的校外救亡运动转向隐蔽的、分散的、小型的校内活动。在发展党员方面，中共在国统区也采取更为谨慎的做法：一是通过党员进行个别考察，二是通过学运在斗争中考察，三是通过组织作侧面调查；在沦陷区高校，中共则依托各抗日根据地采用完全秘密的建党方式。并且，它还以“据点”为途径，发展“种子党员”，抓紧“中心学校”，再以此为“据点”，通过学生团体、同乡关系等线索向他校延伸，最终打开一个区域高校党的建设局面。例如在重庆，以中央大学为中心的沙磁区“据点”，联系了重庆大学、四川教育学院等校。
抗战胜利后，中国高校再度成为多党斗争的重要舞台。这时中共在高校先后完成了两大任务：一是依托高校党建，开辟反蒋的第二条战线；二是发挥高校的人才优势，为新中国建设输送大批干部。与此同时，在新的历史条件下，中共也逐步完成了由革命党到执政党的角色转换。一方面，党把高校纳入新的政权体制，并建立起一套较为成熟的高校管理制度；另一方面，它又通过开展土改、诉苦、整党和“三查”（查阶级、查立场、查思想）等一系列运动，来不断强化高校师生对新政权的认同。这一时期所积累的党建经验，成为了后来党领导高校工作的一笔宝贵财富。
这一时期高校党建的特点：一是灵活的多元化的建党策略和党员发展方式，使党员数量迅速增加，党于各类高校中建立起牢固的基础；二是在国统区采用了“据点”式的建党途径，这是在特殊环境下，党在高校开创的一个特殊的建党途径；三是在党的控制区，党把高校作为反教条化、进行党内思想争论的主要舞台，并在实践中确立起从思想上建设党的基本原则，强化思想理论教育、注重社会实践教育；四是积极运用统一战线，联合团结多数，孤立打击少数。
（三）从新中国成立初期的快速发展、形成核心到“**”期间的停滞瘫痪（1949—1976年）
