另一方面，又要把各种适合于自己的学术成果、理论观点和思维方式融合在一起，形成综合融通的研究方法。上文提及，中国传统哲学本体论具有包容性、融通性的理论特征，那么，作为综合融通的研究方法，由于其体现出与中国传统哲学本体论特征相一致的方法论意义，在目前学界受到广泛关注[4]。当然，对各种成果、观点和方法进行融合、融通的目的，并非完全消融于对方，而是要在融会、贯通、扬弃各种成果的基础上形成更具说服力的观点。
由于本书所进行的是一种整体性的理论形态研究，采取的是一种综合融通的方法，所以，本书在具体问题的研究中，不严格区分各学派的界限或分界，也不太注重历史演变的先后顺序，而是把每个学派和哲学家们各自所代表的本体论思想纳入中国传统哲学这一整体的“模板”，指出各自的位置、特征以及在中国传统哲学本体论不同形态中的意义和作用。
当然，这样便内在地包含有史料、源流的存在，也有历史的演变。不过，这与单纯的注重史料、源流、考辨的研究方法不同，而是需要对各种要素、各个方面加以整合，在整体性中把握“模板”。所以，在本书的研究中，各种历史资料和理论背景依然存在，史论结合依然是本书的主要方法之一，但不管是史料还是理论本身，均被纳入到对中国传统哲学本体论形态的基本问题、主要内容的相关方面。
与史料和理论相联系的另一个重要方面，就是对经典文本的解读和诠释[5]。从广义的诠释看，诠释的对象并不局限于文本（Text）本身[6]，而往往是事物本身的价值或意义。从总体上看，本书的研究对象是中国传统哲学本体论形态的“模板”本身，那么，笔者便有理由确定自己的诠释对象，以及与之相关的诠释方式以及诠释范围。由于本书侧重于考察“模板”本身，那么，在对相关典籍或对象的诠释中，便需要以符合“模板”的整体性意义为标准进行选择，如“道”的层次性诠释、对最终“本体”的体认和把握的诠释、语言在手段而不是目的意义上的诠释等。
从比较的维度看，中西哲学研究方法互有短长，中国传统哲学长于综合、融通，而西方传统哲学长于理论分析。比如，西方传统哲学的“是论”或“存在论”严格地区分了现象、本质等范畴，由此展开的理论分析方法，这是中国传统哲学所缺乏的，也是值得肯定和借鉴的。事实上，本书在很大程度上是在分析的视域下展开研究的。从一般意义上看，在中国传统哲学本体论中，尤其是在对本体存在图景的研究中，似乎更注重“合”、“齐”、“同”、“一”等统合研究，如“天人合一”论、“齐物”论、“尚同”论、“万物一体”论等。细致的“分”、“离”、“析”、“别”不能说无所作为，但总体上似乎有“支离”的嫌疑[7]。然而从另外一个角度看，分析性的概念、观念仍然是必需的、必要的。注重分析性、解析性的研究方法，非但不是对中国传统哲学本体论的背离，反而是另一种层次上的展开和建构。因为，从认识的一般规律上看，对一个存在的研究对象，只有经过不同向度、层面或各组成要素的具体之“分”，才能在更深刻的意义上获得此对象的整体之“合”。这是因为，“分解活动就是知性的力量和工作”[8]。这就是说，只有经过“分解活动”，才能展示知性的力量，从而达到认识的目的。
从总体上看，中国传统哲学本体论研究始终与“人”的存在相联系[9]，但本质上，由于人是一种有限性存在，当人的存在与本体论问题相涉时，势必会在一定前提条件下产生具体的、不同的视域和形态。本书对中国传统哲学本体论形态的划分，就是基于在人的有限性存在的前提下，对中国传统哲学本体论从不同向度和形态进行探析，其目的在于，从不同形态之“分”来彰显中国传统哲学本体论中“合”的实质，更深入地揭示中国传统哲学本体论的整体特质和发展趋向。
