首先，二者在表现形式方面不同。中国传统哲学的本体论没有严格的表现形式上的要求，其表现形式既可能是具体的存在形态，也可能是抽象的存在形态。中国传统哲学本体论具有各种表现形式，比如，“道”、“理”、“性”、“心”、“气”、“阴”、“阳”、“太极”、“太虚”、“无”、“有”、“虚”、“空”，甚至“山”、“水”、“雷”、“泽”等均可以表达本体，但有一个总体的要求，即这些概念无论采用什么样的形式或表现，本体却是严格意义上的一个基本的和最终的存在；而“是论”或“存在论”则不同，从形式上看，“Being”具有严格和统一的形式，即它是用语法中的系词形式而成为普遍性的范畴。它的形式是固定的，但其实质是抽象的，它没有任何具体的规定性，而仅仅是一种可能性，但这种可能性同时又含有规定性，因而又是一种必然性。中国传统哲学的本体概念如“道”或“理”，虽然表面上似乎包含着形式和限定，但其并不具有严格的固定功能（尤其不具有系词功能），所以没有如“是论”或“存在论”一样具有严格和固定的形式。
其次，二者在研究方法上不同。西方传统哲学的“是论”或“存在论”在研究方法上倾向于逻辑的运用。这里的“逻辑”主要是指思辨理性或者纯粹思维，这是西方传统哲学“是论”或“存在论”普遍采用的一种方法，是由其追求所研究对象的确定性、实在性、一般性、普遍性决定的。而在中国传统哲学中，本体论则不完全局限于思辨理性或者纯粹思维，它在更广阔的层面上，运用各种研究方法，其既有理性的思辨，也有感性的直觉、情感的审视、价值的判断、超越的感应等，但又不局限于任何一个方面，总体上呈现出各种方法综合运用的特点，从而在方法上体现出“通”的品格[10]。由此“通”的品格，中国传统哲学本体论的研究思路，总体上倾向于根源性或根本性、整全性或大全性，与西方哲学倾向于分析性或思辨性有很大差异。
最后，二者在发展趋向上不同。西方传统哲学的“是论”或“存在论”倾向于研究“是什么”，其最终形成的是一种“本质主义”或“类本质主义”的发展趋向[11]。所谓“本质主义”或“类本质主义”，就是确定事物或对象的“本质”、“实质”或“实在”的理论形态，其研究的结论必须是明确的、实在的“是”或“存在”（Being），即“非此即彼”。这种对于“是什么”之“是”或“存在”（Being）的研究趋向，导致其不断演进、革新，但始终无法终止“是”或“存在”（Being）的反复，即很难停留在一个核心形态的结论、结果之上。在发展中，其理论形态往往是全盘推翻已有理论，重新构建，总体趋向上可谓“既换汤也换药”。而在中国传统哲学本体论中，由于其整全性、大全性的理论特征，在发展趋向上则具有终极意义上的稳定性、完整性和完善性，所谓“换汤不换药”、“旧瓶装新酒”、“老树发新芽”、“薪火相传”、“铁板一块”等，都是对这一特征的描述。当然，以上描述很容易被误解为中国传统哲学保守、守成，实际上，其并非不发展或停滞不前，而是在发展、演变中具有一种最终的“模板”。
以上差异，仅仅指向了二者的表现样态、研究方法和发展趋向，从根本上看，由于二者共同指向对世界根本性、基本性问题的探寻和研究，所以，在基本哲学理论问题的研究和致思趋向上并非完全没有可比性。从根本上细考二者的研究对象和致思趋向，我们依然可以发现一致之处。
