新学制的最好处，是把中等教育分为两小段，最少亦可使前一小段的全人陶冶多普及几分。
——林砺儒：《本校编制三三制学则课程之经过大略》
在“全人格”教育思想的指导下，林砺儒对北师大附中进行了著名的“六三三”学制改革。钱学森等一大批杰出人才在中小学阶段打下了良好的基础，既得益于林砺儒的“全人格”教育，又得益于“六三三”新学制的实行。这次的新学制改革始于1922年，标志着我国基础教育与世界接轨，在真正意义上迈开了基础教育现代化的步伐。林砺儒是此次改革的旗手，领导师生在摸索中前进，一切规章制度、课程，都是自己制定，自己试行。教材内容也是由本校教师自定、自编、自选。林砺儒勤于实践、勇于创新，将全部的心血倾注于学校的工作中，终于使这次改革结出丰硕的果实，为中等教育开拓出一条崭新的道路。
在谈到这次新学制的改革时，林砺儒说：“中学时代，少年男女气质未定，教育的可塑性很大，应着眼于少年期的生活引导。”“新学制的最好处，是把中等教育分为两小段，最少亦可使前一小段的全人陶冶多普及几分。”“中等教育，恰位于全教育历程之中段，其职分应在完成人的陶冶，以厚其个性发挥之根基。”[12]
对高中学生是否分文理科，林砺儒也有精心的考虑。他说：“我们的高级中学普通科，只分为第一及第二两部。此所谓第一第二部，即含有一般所谓文科理科的意思……学文科的人，对于理科的知识太外行；学理科的人，对于文学又太随便：这是近日的通病。我们要矫正这点毛病，所以第一第二两部，虽各有所注重，而第一部有必修的数理等科，与第二部有必修的文学科，都是要把普通的基础打广些。我们认定高级中学普通科的效用，是完成最高的普通教育，同时做升学的基础。所准备的就是最高的普通基础。至于某种专门学问的准备学科，我们以为应属于大学份内事。所以只分第一第二两部，而放大选修科的活动范围听其发展个性。各种选修科目里面，隐然寓有分门之意。惟不明立分门名称，而听自由选择。自然的依其个性而分道扬镳，当较诸多之门系者更为有效。”[13]
为此，林砺儒在学校进行课程设计期间，除重视给学生以系统的科学知识外，还为学生将来的发展打下扎实的知识基础。例如，高二开设第二外国语，除英语外，还开设德、法、日语等选修；理科开设解析几何、微积分初步、初等力学、电磁学、分析化学等选修；文科开设修辞学、新闻学、文学史、文字学、教育学等选修。还引入一些大学的基础知识让学生选修。钱学森在回忆母校时说：六年师大附中学习生活对我的知识和人生观起了很大作用……我们全班学生学习积极性很高，除了上课外，我们都参加学科小组，有物理、化学、博物、天文等，利用课余时间和中午休息时间大家互相讨论，发表见解，兴趣很浓。
林砺儒还组织有经验的教师和专家编写了从初一到高三的全套新教材，边试行边修订。后来，这套独具特色的教材为全国各地所选用，大大推动了我国中等教育学制的改革。在教学过程中，林砺儒主张，“要给学生解决所遇问题的资料和方法”，并制定了一整套以启发学生兴趣和智力为目标的教学方案，要求启发学生自己发现问题、提出问题，经过独立思考解决问题。他还提出，一切课程都必须紧密联系学生的实际生活进行讲授。林砺儒还总结了试行新学制的经验和个人感受，在《教育杂志》上发表文章，对全国推广新学制产生了良好影响。
