大学者，研究高深学问者也。
——蔡元培：《就任北京大学校长之演说》
离开南洋公学之后的蔡元培，先后创办了爱国学社、爱国女学，并发起成立了中国教育会，坚持教育革新。蔡元培曾在《我在教育界的经验》一文中谈道：“我与次长范静生君常持相对的循环论，范君说：‘小学没有办好，怎么能有好中学？中学没有办好，怎么能有好大学？所以我们第一步，当先把小学整顿。’我说：‘没有好大学，中学师资哪里来？没有好中学，小学师资哪里来？所以我们第一步，当先把大学整顿。’把两人的意见合起来，就是自小学至大学，没有一方面不整顿。”[5]确实，各种程度的教育组成一个体系，所以不可偏废一方。正如过去、现在、将来对一个人的成长而言，是紧密联系、彼此影响的。当正在欧洲游学的蔡元培接到北京大学校长的任命邀请时，面对好友善意的劝阻，他还是回国了。对于中国的教育，他有许多未践行的愿望与想法。
1917年1月4日，北京大学迎来了新任校长——蔡元培。这座有着最高学府地位的大学是戊戌变法仅存的硕果，从创立之日起，就在时代和政局的激**中颠簸着。冬日里的北京，大雪纷飞，当校工们在校门口恭恭敬敬地向新校长行礼时，蔡元培也脱下礼帽郑重地向校工们鞠躬回礼。这样的举动让校工们感到惊奇，要知道在那时，北大学生上课起立嘴里喊的不是“老师好”而是“老爷好”。当时的北大学生多是八旗子弟、官宦之后，虽然表面上北大是新式大学，但是教师和管理者也是旧派居多，所以当时便有人戏称北大是“衙门”。彼时的蔡元培在欧洲游学，回国接受北大校长的任命，为的不仅仅是治理北大，更是把北大当做中国现代大学的教育奠基。在就职演说中蔡元培强调，希望学生抱定宗旨，为学问而来，非为升官发财。他将“思想自由，兼容并包”的学术新风带进了当时暮气沉沉的北大。
作为学校的管理者，蔡元培一向重视教师的作用。他到校后不久，即聘请陈独秀为北大的文科学长。据当时跟陈独秀住在一起的汪原放回忆：“蔡先生差不多天天要来看仲甫（陈独秀[6]）。有时候来得很早，我们还没起来。他招呼茶房不要叫醒，只要拿凳子给他坐在房门口等候。”[7]在蔡元培的努力下，当时的北大聚集了一大批中国学界的执牛耳者。蔡元培对各类人才、各种学说兼收并蓄。北京大学里不仅有谈论马克思主义的陈独秀和李大钊，也有拖着长辫子的前清遗老辜鸿铭。蔡元培是《新青年》杂志的支持者和撰稿人，为学生创办的《新潮》题写刊名；但他同时也拨款让刘师培办理《国故》月刊。学生往往听罢了老派教师的课，又去听新派教师的课。各种新旧学说在大学校园里碰撞激**，造就了当时北大百家争鸣的气象。蔡元培有意让学生在各种相互冲突的观念学说中，自己判断曲直取舍。古史专家顾颉刚在他的《我所知道的蔡元培先生》一文中说：“他总希望大学发展个性，永远鼓励人们自由思想。他唯恐别人不知道天地之大，又唯恐别人成见之深。他要人们多看，多讨论，多工作，使得社会可以一天比一天进步，人生可以一天比一天快乐。”[8]这就是兼容并包、学术自由的大学精神。儒学大家梁漱溟认为这一大潮流的酿成，“不在学问”，“不在事功”，而在蔡先生的“器局大”和“识见远”。所以能“器局大”和“识见远”，是因为蔡先生能“游心乎无形的超实用”[9]。
蔡元培为中国高等教育缔造了一个新北大。的确，对旧北大的改革实属不易，不仅需要面临新旧两个阵营师生之间的矛盾，还要应对北洋政府施加的压力，但蔡元培做到了。在“思想自由，兼容并包”的风气中，新思想、新文化有了更大的空间，得以在青年学生中不断地传播，为日后新文化运动的发展奠定了基础。美国著名哲学家杜威曾在北大讲学两年，他这样评价蔡元培对北大的革新：“拿世界各国的大学校长来比较一下，牛津、剑桥、巴黎、柏林、哈佛、哥伦比亚等等，这些校长中，在某些学科上有卓越贡献的，固不乏其人，但是，以一个校长身份，而能领导那所大学对一个民族、一个时代起到转折作用的，除蔡元培外，恐怕找不到第二个。”[10]
蔡元培在北京期间，不仅主持北大校务，还热心于校外各种教育事业，积极参与为劳苦大众组织的平民教育活动，为其争取各项援助。蔡元培虽为校长，但仍不舍走下三尺讲台，不仅在北大为学生们上课，还曾兼任北京高等师范学校教育研究科的美学教授。蔡元培除了是一位伟大的校长、教育者之外，还是一位优秀的学者。他奠定了中国现代哲学、伦理学和美学的体系基础，今天的“美育”一词便是蔡元培从德文翻译而来的。他著的《中国伦理学史》至今仍被学界研究和推崇。
