福建、两广平定后，南部除四川、云南以外，都已统一，打成一片。大后方的人力和财力供给北伐军以无限的助力北伐军在出发前，元璋和刘基等筹定了作战的计划后，又和诸将缜密研究。常遇春提出意见，以为南方已定，兵力有余，如直捣元都，以我百战之师，敌彼久逸之卒，其可必胜。都城既克，乘胜长驱，以建瓴之势，余地可不战而下。元璋的作战计划恰好相反，他指出直攻大都的危险性，以为元建都近百年，城守必固，如悬师深入，顿于坚城之下，馈饷不继，援兵四集，进退不可，非我之利。不如先取山东，撤其屏蔽，旋师河南，断其羽翼，拔潼关而守之，据其户槛，天下形势入我掌握。而后进兵元都，则彼势孤援绝，不战可克。然后鼓行而西，云中、九原以及关、陇，可席卷而下。常遇春还是抱持着前次直攻平江的见解，以为巢穴根本一下，支干自然迎刃而解。他却没顾虑到孤军深入，后方的交通线如何保持，万一被敌人截断，兵员和粮食的补充便陷绝境。奇兵突击，固然可以侥幸取胜，却非万全之计。元璋的计划却是稳扎稳打，立于不败之地，步步扩大，占领地和后方连成一体。诸将都同声说好。
北伐军的统帅机构，也经严密组织。在平陈友谅以前，诸将都直属元璋，不相统率。九华山之役，常遇春坑杀汉降卒，徐达不能止，始以达为大将，尽护诸将。至是以达持重有纪律，战胜攻取，得为将之体，以为征虏大将军，统率全军。常遇春当百万之众，勇敢先登，摧锋陷阵，所向披靡，以为副将军。又担心遇春健斗轻敌，复谆谆告诫，如遇大敌当前，以遇春领前锋，和参将冯胜分左右翼各将精锐进击。右丞薛显、参政傅友德勇冠诸军，使独当一面。达则专主中军，策励群帅，运筹决胜，不可轻动。又复申严纪律，告谕将士，以这一次北伐，目的不在攻城略地，而在平削祸乱，解救生民疾苦，凡遇敌则战，所经地方和攻破城邑，勿妄杀人，勿夺民财，勿毁民居，勿废农具，勿杀耕牛，勿掠人子女，如有遗弃孤幼在营，父母亲戚来求，即时付还。
为使北方人民明了大军北伐的动机和目的，元璋命宋濂草了一道檄文，驰谕齐、鲁、河、洛、秦、晋、燕、蓟各地，这檄文是中华民族革命史上有名的文献，檄文道：
自古帝王临驭天下，皆中国居内以制夷狄，夷狄居外以奉中国，未闻以夷狄居中国治天下者也。自宋拃顷移，元以北狄，入主中国，四海内外，罔不臣服。此岂人力，实乃天授，彼时君明臣良，足以纲维天下；然达人志士，尚有冠履倒置之叹。自是以后，元之臣子，不遵祖训，废坏纲常，有如大德废长立幼，泰定以臣弑君，天历以弟鸩兄，至于弟收兄妻，子烝父妾，上下相习，恬不为怪，其于父子、君臣、夫妇、长幼之伦，渎乱甚矣！夫人君者斯民之宗主，朝廷者天下之根本，礼义者御世之大防，其所为如彼，岂可为训于天下后世哉！
及其后嗣沉荒，失君臣之道，又加以宰相专权，宪台报怨，有司毒虐，于是人心离叛，天下兵起，使我中国之民，死者肝脑涂地，生者骨肉不相保，虽因人事所致，实天厌其德而弃之之时也。古云：“胡虏无百年之运”。验之今日，信乎不谬。
当此之时，天运循环，中原气盛，亿兆之中，当降生圣人，驱逐胡虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民。今一纪于兹，未闻有济世安民者，徒使尔等战战兢兢，处于朝秦暮楚之地，诚可矜悯。
方今河、洛、关、陕，虽有数雄，乃忘中国祖宗之姓，反就胡虏禽兽之名，以为美称。假元号以济私，恃有众以要君，凭陵跋扈，遥制朝权，此河、洛之徒也。或众少力微，阻兵据险，贿诱名爵，志在养力，以俟衅隙，此关、陕之人也。二者其始皆以捕妖人为名，乃得兵权；及妖人已灭，兵权既得，志骄气盈，无复尊元、庇民之意，互相吞噬，反为生民之巨害，皆非华夏之主也。
