元璋率大军渡江，马夫人率将士家属仍留和阳。郭、张二帅被诱杀以后，陈兆先屯方山，蛮子海牙则屯采石，水陆掎角，威胁太平。元璋乘时整顿军队，加强实力。龙凤二年（至正十六年，1356）二月亲率常遇春等大败蛮子海牙军于采石，纵火焚其连舰，蛮子海牙仅以身免，江路始通。三月率诸将进攻集庆，水陆并进，至江宁镇，攻破陈兆先营，降其众三万六千人，释兆先以为元帅，令从征讨。进败元兵于蒋山，直抵城下。城破，福寿战死，得了军民五十余万人，元将康茂才降。元璋入城，剀切告诉军民父老官吏说：“元朝政治混乱，战争四起，生民涂炭。我来是为民除乱，大家应该各安职业，不要疑心害怕。贤士吾礼用之，旧政有不便者吾急除之。做官吏的不要贪暴，使百姓吃苦。”简单的几句话，把城中人心定下来，恢复了秩序。改集庆路为应天府，置天兴建康翼统军大元帅府，以廖永安为统军元帅。以赵忠为兴国翼元帅，守太平。置上元、江宁二县。辟儒士夏煜、孙炎、杨宪等十余人，以次录用。亳都得到捷报后，升元璋为枢密院同佥，以帅府都事李善长为经历。不久又升元璋为江南等处行中书省平章，故元帅郭天叙弟天爵为右丞，李善长为左右司郎中，以下诸将都升元帅。元璋这年才二十九岁，已经是独当一面的人物、统领十万大军的统帅了。
元璋据应天后，他的势力，以应天为北境，西起滁州画一直线到芜湖，东起句容，南到溧阳，一块不等边形，横摆着的斗形地带。西线是斗底，东线是斗口。四面的形势，东边元将定定扼守镇江。东南张士诚已据平江（苏州），破常州，转掠浙西。东北面青衣军张明鉴据扬州。南面是元将八思尔不花驻徽州，别不华、杨仲英屯宁国。西面池州已为徐寿辉所据。东南外围则元将石抹宜孙守处州，其弟厚孙守婺州，宋伯颜不花守衢州，真是四面受敌。幸亏这时元兵正用全力对付小明王，前一年十二月元将答失八都鲁大败刘福通于太康，进围亳州，小明王奔安丰（今安徽寿县）。察罕帖木儿和红军转战河南，都无暇南顾。红军势力暂时消沉，张士诚又猖獗于东南，徐寿辉鸱张于襄汉，元兵左支右绌，已苦无法应付。龙凤二年（至正十六年，1356）红军复振，遣兵分出略地，李武、崔德陷商州，破武关，进图关中。毛贵陷胶、莱、益都、滨州，山东郡邑多下。三年刘福通率众攻汴梁，分军三道：关先生、破头潘、冯长舅、沙刘二、王士诚趋晋冀；白不信、大刀敖、李喜喜趋关中；毛贵出山东北犯。第一路军分二路：一出绛州，一出沁州，逾太行，破辽、潞，陷冀宁，攻保定，陷完州，掠大同、兴和塞外诸部，至陷上都，转掠辽阳，抵高丽，从西北折回到东北，绕了一个大圈子。第二路军陷兴元，入凤翔，南入四川。一部又陷宁夏，掠灵武诸边地。第三路军陷东平、济宁、东昌、益都、广平、顺德、济南，北陷蓟州，犯槨州，略柳林以逼大都。福通则陷大名、曹、襥、卫辉，出没河南北。四年（1358）五月，攻下汴梁，迎小明王以为都城。红军所至无不摧破，元州郡长吏闻红军来，往往不战而遁。五六年中，红军长驱深入，来回地兜圈子，元军用全力抵抗和进攻，无力顾到朱元璋，使这个新进最后起的红军小头目，得以从容巩固地盘，扩充实力，得以个别消灭群雄，开辟疆土。而且在地理上，朱元璋和元朝大军中间恰好隔着，东边是张士诚，北面是小明王，西边是徐寿辉，这三个卫星使他无从受到元军的主力攻击，等到红军主力已被元朝消灭的时候，朱元璋已经广土众民，拥有最强大的实力，可以和元军一决雌雄了。
