1832年9月，达尔文来到阿根廷中部东海岸，发现地上有许多古代陆生物化石。他十分高兴，立即和科文顿奋力挖掘起来，苦战了三个多小时，挖出一个完整的巨大的剑齿兽化石。这东西真是有趣，和现代动物比，它的躯干像大象，牙齿像兔子，眼、耳、鼻又像海牛。象、兔子、海牛现在不是分属于不同的目吗？过去它们怎么会集中在一起？半天的挥镐撬石早把达尔文累得上气不接下气，现在这个新难题又叫他困惑不解。他一屁股坐在土坑里，双手捧着那个奇怪的头骨化石，豆粒大的汗珠顺着脸颊慢慢滚下，他一动不动像突然遭了雷击电打一样地麻木了。半天，他才仰天长叹一声：“上帝啊，请原谅我对您的怀疑，难道在造物之初，物种并不是现在这个样子？或者这物种本来就不是您造的？”他刚把最后这半句话说完，不由浑身打了一个寒战，一身热汗瞬间变成一身凉水——啊，我这样想是不是亵渎了上帝？
科文顿在一旁听见这话也忙问：“达尔文先生，您说什么？”
“啊，我没有说，什么也没有说。天不早了，我们赶快收拾东西回船吧。”
但是，从此这个疑团就占据了达尔文的心：“地球上新的生物第一次出现到底是什么样子？”
各位读者，许多伟大科学家之成长，常常起于最初的那自我一问。伽利略见自由落体，一问而研究出落体规律；牛顿见苹果落地，一问而终悟出万有引力；哥白尼见托勒密体系的烦琐，一问而产生出自己的日心说；开普勒见火星轨道与观察记录的8分误差，一问而发现行星运行定律；迈尔见人身上的血，一问而导致能量守恒定律的发现……一个人品质的养成，要学会坚内而拒外，防微杜渐，出污泥而不染；相反一个人学问的做成，则要虚怀而多求，见缝插针，追蛛丝马迹而不舍。当他遇到可疑的东西时那一扪心自问，正是已将钥匙插入了锁孔，只待一拧，再一推门，一座神秘王国就豁然展现在眼前。
这达尔文自从心里暗暗起了对上帝的怀疑，在以后的考察中就处处留心，时时在意了。
又过了三年，1835年9月，达尔文随贝格尔舰来到加拉帕戈斯群岛。这个岛位于太平洋东部，离南美洲西海岸950千米，它的历史不长，是几千年前由于海底火山喷发从海水里钻出来的一小块陆地。当达尔文和科文顿背着猎枪和标本袋上岸后，他们立即感到这支枪实在多余，岛上所有的动物都不怕人。这主仆二人在岛上悠然自得地随意散步，而那些鸟兽或嬉戏于前，或不舍于后，好不快乐。突然，他们看到许多大龟排成长队，足有几里长，浩浩****地向前爬着，而每个龟少说也有100多千克。原来这个岛上缺水，它们是前往水源地喝水的。看它们那个样子，一会儿探出头来望望前面，离泉水还远呢，又缩回脖子，一步一寸，不慌不忙地往前挪。达尔文看得好笑，便跳上龟背，这龟就如背上落了一片树叶一样，毫无负重之感，还是四平八稳地前进。泉水到了，龟们不顾一切地将头伸到水里，一连喝几十口才喘一下气。原来它们这样喝一次水就可以忍受好多天的干渴，那水都贮存在心包和**里，难怪当地居民遇到缺水时就杀这种大龟取水呢。同样是龟，为什么这个岛上的龟就有这种特殊本领呢？难道这是上帝为这里专造的新种吗？可是这个岛不过才几千年啊！这以前上帝不是早就将所有的物种都造好了吗？
达尔文经过仔细观察，发现岛上的物种与南美洲属同一类型。但是由于这里气候奇特，它们又很不同。他收集了岛上的生物标本，26种陆栖鸟类中，有25种是岛上特有的；15种海栖鱼类全部是新品种；25种甲虫中，只有两三种是南美也有的；185种显花植物，其中新品种就有100种。看来这些新物种并不是上帝创造的，是这里特殊的气候、特殊的环境创造的，物种是可以变的，是受自然选择的。
