不少罗马人认为，就算罗马城沦陷，也不过是跟8个月前科隆纳率军入城一样的一场闹剧。但不幸的是，博尔戈这一次变成了血腥的屠宰场。起初，几个罗马守军趁乱混入攻进来的帝国军，侥幸救了自己一命，但是大部分罗马守军没有这个运气。一部分罗马守军试图坐船过河逃命，但是很多人落水而亡，只有一小部分黑军战士侥幸活下来。瑞士卫队在圣彼得大教堂前的方尖碑旁浴血奋战，顽强抵抗，但终因寡不敌众而败下阵来。守军逃的逃、死的死，帝国军**，像一把锋利的镰刀，夺走了大量军人、平民，甚至伤员和孤儿的生命。瑞士卫队将领鲁斯特先前因身负重伤而被抬回到附近的营房里，帝国军闯进了他的营房，当着他妻子的面，将他残忍地杀死。圣萨尔瓦多修道院的一位修道士曾记载：“除了几个成功逃跑的人，圣斯皮里托医院里的人都被帝国军杀害。”[6]许多人被活活扔进台伯河里。这位修道士还记载了圣殇孤儿院的惨状，所有的孤儿都惨遭杀害。大屠杀开始之初，不少罗马人逃到圣天使堡，教皇克雷芒七世也在其中。他先前还在圣彼得大教堂里做祷告和弥撒，后来跟蓬佩奥突袭罗马城那次一样，在众人的劝说下及时离开了。教皇和他的随从沿着逃生通道匆匆赶往圣天使堡，不料被西班牙军队发现，在下面冲他疯狂射击。军人、教士、商贩、贵族、侍臣、女人和孩子等一众人很快将圣天使堡团团围住，他们紧紧地挤在一起，不让大门关上。城堡吊门放下来的时候，不少人进入城堡。根据扎拉大主教佩扎罗的记载，在这性命攸关的时刻，克雷芒七世的残忍本性显露无遗，“有人向教皇报告，城堡里进来了很多人，大部分人都是手无寸铁的平民，而城堡内粮食储备不足，所以没有战斗力的平民几乎都被撵了出来”。[7]这些人生死未卜。当然，对教皇有用的人都留在了堡里。枢机主教普奇是一位老者，罗马守军和帝国军在城墙上激战正酣的时候，他冲着帝国军破口大骂。后来帝国军攻入罗马城，城中乱作一团，他被混乱的人群撞到并踩伤。城堡里的人从窗户里扔出绳索，合力把他救了上来，还用筐把另一位枢机主教阿尔梅利诺救到了城垛里。
▲这幅创作于19世纪的版画描绘了德意志雇佣军洗劫罗马的场景。
本韦努托·切利尼也成功逃到了圣天使堡里。根据他的自传记载，他一如既往地英勇无畏，他径直走向炮台，发现朱利亚诺将军正在用力撕扯着自己的脸，泣不成声。朱利亚诺不忍心下令开火，以免伤及自家房屋，他看到妻儿正遭到帝国军的突袭。所幸切利尼是个刚强果断的人：
我抓起一根导火索，招呼那些哭丧着脸的人来帮我把一部分重型火炮和鹰炮排列成行，他们在我的指挥下向敌人射击。就这样，一大部分敌人死在了我的炮口下。要是我没有及时向他们开炮，他们一定会像今天清晨攻陷罗马城那样攻陷圣天使堡，因为守军的大炮形同虚设……总而言之，是我在那天上午救了圣天使堡。[8]
起初帝国军只占领了博尔戈。圣天使桥连接着博尔戈，但是帝国军却不敢贸然前往，因为这座桥在圣天使堡上的大炮的射程之内。经过仓促的讨论后，帝国军诸位将领一致决定向台伯河岸区发起进攻。台伯河岸区周围有城墙保护，位于博尔戈以南800多米处。此时大雾已经散去，罗马守军已经心灰意懒，实在无力反抗。帝国军在贾尼科洛山上的圣潘克拉齐奥门附近的城墙上实现了突围，成功控制了该地区。他们还在这个地方找到了食物，于是狼吞虎咽地吃起来。
