初立尚书省时，有旨：“凡铨选各官，吏部拟定资品，呈尚书省，由尚书咨中书闻奏。”至是，阿合马擢用私人，不由部拟，不咨中书。丞相安童以为言，世祖令问阿合马。阿合马言：“事无大小，皆委之臣，所用之人，臣宜自择。”安童因请：“自今唯重刑及迁上路总管，始属之臣，余事并付阿合马，庶事体明白。”世祖俱从之。八年三月，尚书省再以阅实户口事，奏条画诏谕天下。是岁，奏增太原盐课，以千锭为常额，仍令本路兼领。九年，并尚书省入中书省，又以阿合马为中书平章政事。明年，又以其子忽辛为大都路总管，兼大兴府尹。右丞相安童见阿合马擅权日甚，欲救其弊，乃奏大都路总管以次多不称职，乞选人代之。寻又奏：“阿合马、张惠，挟宰相权，为商贾以网罗天下大利，厚毒黎民，困无所诉。”阿合马曰：“谁为此言？臣等当与廷辩。”安童进曰：“省左司都事周祥，中木取利，罪状明白。”世祖曰：“若此者，征毕当显黜之。”既而枢密院奏以忽辛同佥枢密院事，世祖不允曰：“彼贾胡事犹不知，况可责以机务耶！”十二年，伯颜帅师伐宋，既渡江，捷报日至。世祖命阿合马与姚枢、徒单公履、张文谦、陈汉归、杨诚等，议行盐、钞法于江南，及贸易药材事。阿合马奏：“枢云：‘江南交会不行，必致小民失所。’公履云：‘伯颜已尝榜谕交会不换，今亟行之，失信于民。’文谦谓‘可行与否，当询伯颜’。汉归及诚皆言：‘以中统钞易其交会，保难之有。’”世祖曰：“枢与公履，不识事机。朕尝以此问陈岩，岩亦以宋交会速宜更换。今议已定，当依汝言行之。”又奏：“北盐药材，枢与公履皆言可使百姓从便贩鬻。臣等以为此事若小民为之，恐紊乱不一。拟于南京、卫辉等路，籍括药材，蔡州发盐十二万斤，禁诸人私相贸易。”世祖曰：“善，其行之。”
十二年，阿合马又言：“比因军兴之后，减免编民征税，又罢转运司官，令各路总管府兼领课程，以致国用不足。臣以为莫若验户数多寡，远以就近，立都转运司，量增旧额，选廉干官分理其事。应公私铁鼓铸，官为局卖，仍禁诸人毋私造铜器。如此，则民力不屈，而国用充矣。”乃奏立诸路转运司，以亦必烈金、札马剌丁、张暠、富珪、蔡德润、纥石烈亨、阿里和者、完颜迪、姜毅、阿老瓦丁、倒剌沙等为使。有亦马都丁者，以负官银得罪而罢，既死，而所负尚多，中书省奏议裁处。世祖曰：“此财谷事，其与阿合马议之。”
十五年正月，世祖以西京饥，发粟万石赈之。又谕阿合马宜广贮积，以备阙乏。阿合马奏：“自今御史台非白省，毋擅召仓库吏，亦毋究索钱谷数。及集议中书不至者，罪之。”其沮抑台察如此。四月，中书左丞崔斌奏曰：“先以江南官冗，委任非人，遂命阿里等澄汰之。今已显有征验，蔽不以闻，是为罔上。杭州地大，委寄非轻，阿合马溺于私爱，乃以不肖子抹速忽充达鲁花赤，佩虎符，此岂量才授任之道？”又言：“阿合马先自陈乞免其子弟之任，乃今身为平章，而子若侄或为行省参政，或为礼部尚书、将作院达鲁花赤、领会同馆，一门悉处要津，自背前言，有亏公道。”有旨并罢黜之。然终不以是为阿合马罪。世祖尝谓淮西宣慰使昂吉儿曰：“夫宰相者，明天道，察地理，尽人事，兼此三者，乃为称职。阿里海牙、麦术丁等，亦未可为相，回回人中，阿合马才任宰相。”其为上所称道如此。
