然而，大清国的政治现实并没有满足慈禧太后的期待。光绪帝亲政不几年，甲午战争爆发了，维新运动开始了，为了大清国的整体利益，慈禧太后不得不再次出山，帮助儿皇帝料理国家大事。
如果仅仅从权力构成上说，中国传统社会一直强调的皇权至上性和不可分割性，皇权中心的一元化几乎是历代王朝不得不遵守的原则。晚清政局之所以出现两宫共同专制的局面，完全是特殊的历史条件所致。不过，如果我们以客观的立场去观察慈禧太后在1894年之后的作为，也应该承认，她对权力的使用是相当克制的、相当节制的，她并没有滥用自己权力干预朝政，并没有越过皇上处理国家大事，她只是对皇上的决策保持最后否决权。这只是在替年轻的皇帝把把关。所以，尽管经历了那么多的政治波折，大风大浪，我们从清代正史中从来没有读到皇上对皇太后的抱怨，皇上至死都是感激皇太后的养育之恩和多年来的精心照料、耐心辅助。
皇上身体不好是一个谁都知道的事实，他不仅自幼体弱多病，更重要的是作为皇上他没有完成而且永远无法完成大位的传承，甚至无法对皇后对嫔妃履行一个丈夫应尽的义务。这是男人无法说出口的羞耻，也是光绪帝后来性格稍有扭曲的一个重要原因。他的肾病由来已久，奇怪的是，他不仅肾功能有问题，而且在大婚前后开始长时期遗精，据他自己说到了1907年就有二十年的历史。一个长期遗精的人当然不利于夫妇生活，一个没有夫妇生活的人，当然会对性格形成某种程度的扭曲。这是现代医学、现代心理学所证明的。长时期遗精和长时期的肾病对皇上确实构成一个很大的困扰，也是皇上一个很难说出口的尴尬，是他后来稍微有点抬不起头的最重要的原因。对于这样的一个后辈，慈禧太后能够做的事情，除了安慰，除了劝勉，还能做什么呢？我们完全可以想象，慈禧太后只能从内心深处哀叹自己的命太苦，为什么上帝或者说老天爷要把一切危难一切坏事都留给她呢？青年丧夫、中年丧子，也就罢了。为什么几十年辛辛苦苦领养的这个儿子，这么听话，这么有出息，却又这样让他身体不好，让他无后，让他英年早逝呢？
光绪帝的病情大约从1898年秋天之后就逐步恶化，好在他贵为天子，享受着帝国最好的医疗条件医疗待遇，经过宫廷御医天下名医精心呵护精心治疗，光绪帝的肾病竟然在那个没有血液透析医疗条件下存活了十年之久。这本身就是一个奇迹。
谁也没有想到1908年秋，当政治改革到了最吃紧的关头，年仅三十八岁的光绪帝病倒了，而且一病不起一命呜呼。关于光绪帝的死因，清代正史和医学专家的意见大体都是正常死亡，是长期受到肺结核、肝脏、心脏、风湿等慢性疾病的侵扰，致使免疫力严重下降严重缺失，最终造成心肺功能衰竭，合并急性感染而死亡。
历史的巧合在于，在光绪帝发病之前一段时间，七十三岁的老太太慈禧太后也因吃了一点不合适的东西，拉肚子好长一段时间了。拉肚子可以置人于死地，这也是医学上的常识，特别是对体弱的老人而言，更是如此。问题还在于，慈禧太后的痢疾既然已经好长时间了，如果不发生光绪帝死亡事件，相信慈禧太后大概也不至于突然不治。光绪帝的死亡对慈禧太后的打击太大了，生命垂危中的老太后越想越伤心，越想越觉得自己的一生太命苦，所有的希望均成为泡影，所以她在这个养子年仅三十八岁英年早逝后不到一天时间，也就一命呜呼。这个解释不仅来自清代官方正式文件，而且应该更合乎人道、合乎人情、合乎常理、合乎历史和逻辑。
