冯小宝开始得宠的时候，也正是武则天向皇帝之位发起最后冲刺的时候。武则天还活着的两个儿子，李哲已经被她废为庐陵王，发配到房州囚禁起来了，李旦虽然名义上还是皇帝，但是也被软禁在宫里，政务上一点都插不上手。所有反对她当皇帝的人，武则天都有信心搞定。人，她是能摆平的，但是当皇帝需要天命所归，怎么摆平这个天呢？这时候，冯小宝被派上用场了。整个朝廷里，没有谁比他和太后的心贴得更近，太后的事业就是他的事业。谁也别把他仅仅看成一个男宠，他也要有所作为，为太后排忧解难，当太后的“贤内助”。怎么才能当好“贤内助”呢？冯小宝做了三件大事。
第一件是建明堂。我们讲过，明堂是儒家经典所记载的天子布政之所，非常神圣。武则天要把明堂建起来，以证明她统治的合法性。这个大工程的主持人就是冯小宝。让一个男宠去主持修建儒家圣物真够离经叛道的，但是，武则天用人眼光一向准确，冯小宝果真不负重托，不到一年就把明堂修成了。新修的明堂宏伟壮丽，有大概三十层楼那么高，起名叫万象神宫，武则天在那里祭天、祭祖，接受百官朝贺，大大出了一把风头。更加绝妙的是，冯小宝还在明堂背后修建了一座天堂，贮存佛像，遮风挡雨。这个佛像有多大呢？据说一个小指头就能装好几十个人，所以天堂盖得极其高大壮丽，一共五层，才到第三层就已经比明堂还要高了。武则天为什么要修建这么宏伟的天堂呢？一方面是因为冯小宝的宗教情结，另一方面，恐怕还是武则天此时想要利用佛教为自己当皇帝服务。
冯小宝做的第二件大事，就是在佛教经典中找到了能支持武则天当皇帝的理论。我们前面讲过，经过刻苦攻关，以冯小宝为首的和尚终于在浩如烟海的佛经里找到了一部《大云经》，经里记载女主统治国家，最后又成佛。这就名正言顺地为武则天当皇帝提供了经典依据。但是，冯小宝并没有止步，为了普及《大云经》，他又带领一帮和尚炮制了解释经典的《大云经疏》，用通俗易懂的语言把晦涩的经文加以演绎阐发，并和当时流行的弥勒信仰结合起来，称唐室衰微，太后就是弥勒下生，必定取代唐朝的统治。武则天当皇帝的理论难题解决了，冯小宝也因此顺理成章地成为武周建国的大功臣，官拜正三品的左威卫大将军。
冯小宝做的第三件大事是帮助武则天讨伐突厥。冯小宝既然已经是大将军了，当然要建立军功。当时突厥常常威胁北部边疆，而武则天忙于改朝换代，对于武将不大信任，因此冯小宝又被派上了用场，去帮武则天讨伐突厥。第一次是在永昌元年（689年），也就是武则天称帝的前一年，武则天委任冯小宝为新平道行军大总管讨伐突厥。冯小宝本来是个卖药的小混混，哪里知道怎么打仗啊，可是俗话说，无知者无畏呀，他还真就去了。他的运气太好了，突厥是游牧民族，逐水草而居，来无影去无踪，冯小宝到了前线，正好突厥兵走了。没找到敌人那就凯旋吧，回来以后，对武则天他可不这么说。他说，敌人闻风丧胆，听见他的名字就害怕了，所以他还没到那儿，他们已经望风而逃了。武则天也很高兴，当下封他当了二品的辅国大将军。
既然冯小宝打突厥有功，以后对付突厥的事就交给他了。延载元年（694年），也就是武则天当上皇帝的第五年，冯小宝又被派出去讨伐突厥了。这次，他的头衔是伐逆道行军大总管，两位宰相当他的幕僚，率领十八位将军出征。要说老天真是太照顾冯小宝了，也不知道为什么，他运气特别好，还没等出发，敌人已经无影无踪了，所以冯小宝又是毫发无损，再立新功。当然啦，他给武则天的理由仍然是，“敌人一听说我的名字就吓跑了”。
第二次讨伐突厥可以说是冯小宝一生事业发展的巅峰。他既是武则天的男宠，又是白马寺的住持，同时还是朝廷里威风凛凛的大将军，真是炙手可热。
