邱清泉识大体顾大局，平日训勉僚属部曲，深忌军人干政，在其所著《建设现代国防应有之认识》一文中曾谓：“参谋总长纯为军事长官，在民主政治时代，彼固不可在政治上提出主张，更不可参预任何政治活动，而严格保持其军人身份，是乃应有之纪律与风度也。”又谓：“民主政治，政党斗争，时行纷乱，国防军纪避免干涉，以却怨尤。其有扰乱公安者，厥惟由团警任之。”故处理昆明学潮，邱先生虽系参预云南警备总司令部策划作业，但在其思想上是矛盾的，感情上是痛苦的。
较之民国前期的老参谋，他们当时运不济，灰心感、无力感降临，往往借助信奉怪力乱神，到了邱清泉这一代新军人，则除了清醒的头脑、卓越的胆识，尚有对民主精神的信奉，对游戏规则的遵守。留学的教育背景毕竟不同，西方的普世价值对其人品及行为方式具有根底上的影响。他的参谋生涯不长，以后是自己给自己当参谋。他牢骚式的对国防部参谋部的怀疑，乃是参谋生涯的延伸，正像恋爱中的嫉妒和怀疑一样，往往百发百中，他眼中的鬼影憧憧，亦丝毫不差，不幸而言中。
他处理昆明学潮事件，和旧军阀的颟顸做法确有不同，冷静、理性，且和教授里的头面人物直接对话，而能大体稳盘，这在板**紊乱的局势中确需头脑和手腕。而他的手腕的心理背景，就来自于他做幕僚时节的修养和知识储备。
1944年在反攻龙陵之前，第五军驻于昆明郊外之北校场。为了回应大学教授的质询，他与西南联大众教授举行座谈会。闻一多、李公朴、冯友兰、杨西孟、潘光旦等参加。
当时西南联大民主思潮喷涌，言论尺度激烈。而国民党省党部形同虚设，对联大师生畏之如虎，不特不能对垒，甚至予以附和。邱清泉军书傍午，但他还是动了主动了解沟通的念头，乃决定由政治部副主任吴思珩和西南联大训导长查良钊先生接头，以邱军长出面邀请这几位教授参加座谈会，希望从座谈会中他们所发表的言论去了解他们的态度。当时基层中小县市党部的执行委员，不要说大学毕业生是绝无仅有，就是高中毕业的人也很少。他们智识程度这样幼稚，要让他们督促县长，或与左翼知识分子对话，擘画地方行政建设，自是不可能之事。由他们惹起的纠纷，也往往是鸡毛蒜皮低层次的笑料，一旦被人利用，小祸就变成大祸。所以像邱先生这样的高阶将领，还要在戎马倥偬的关头，拿出国学西学的底子，来和社会的一部分人交锋，也真令人感慨不尽的了。
1944年10月某日，座谈会在昆明北校场举行，军方除邱清泉、吴思珩，还有罗友伦、宋长治（当时为军法处长）共四人，教授有闻一多、冯友兰、杨西孟、潘光旦等。座谈会以邱清泉为主席，讨论题目为反攻问题，当时日军正在攻打衡阳。其间，杨西孟以经济学家身份谈财经问题，而以闻一多的质询最具力度。闻一多说，衡阳究竟可否守住？不能守，怎么办？日本将向何处延伸攻击？最后打到哪里？指名要邱清泉回答。邱说，这个问题涉及军事的机密性，但也不是不能回答，可以从研究的角度来观察。所以，他坦率答复道：第一，衡阳守不住。当时衡阳是207师方先觉（此时是第十军军长，几个月后他才以集团军副总司令的名义兼任新组建的青年军第207师师长）防守，邱军长以日我双方装备实力等着眼，说明我方守不住的理由。第二，日寇当然继续前进。第三，根据军事地理分析，继续前进以贵州之可能多于广西。第四，可能打到独山。（参见吴思珩《昆明学潮退思录》，载《口述历史》总第8期）。当时邱先生就军事观点逐项予以分析，事后情况发展，可知其料事如神，日寇自攻陷衡阳后，确实经广西一直打到独山。此不仅说明邱先生在军事上造诣之深，更可知其谋国之诚。
