九月十四日（10.20）李抵北京。十五日，觐见光绪，呈递国书宝星。
九月十八日（10.24）命李鸿章在总署行走。同日，以李鸿章擅入圆明园游览，交部议。廿四日（10.30）《翁同赫日记》：“李鸿章吏议革职，旨改为罚俸一年，不准抵销。”
十一月十日（12.14）德使海靖向总署提出租借胶州湾五十年要求。
光绪廿三年（1897），丁酉，七十五岁。
正月十六日（2.17）复伍廷芳函，谓使美重在保护华工，经述侄随行，望随时训迪。
四月廿日（5.21）俄答聘专使吴克托穆斯基亲王抵北京。
六月廿五日（7.24）协办大学士吏部尚书李鸿藻卒，清廷予溢文正。
七月五日（8.2）派李鸿章充武英殿总裁。
九月八日（103）武昌有德舰水手被杀。
十月七日（11.1），德国教士二人在山东曹州府巨野县张家庄被害。
十月廿日（11.14）德舰占领胶州湾。
十一月七日（11.30）清廷命总兵章高元自胶州移防烟台。
十一月廿二日（12.15）俄舰侵人旅顺。
十二月六日（12.29）俄使至总署请商定松花江章程，并拒自旅大退兵。
是年，李投闲京师，门庭冷落，对时政颇多愤懑之词。尝自谓：予少年科第，壮年戎马，中年封疆，晚年洋务，一路扶摇，遭遇不为不幸；自问亦未有何等陨越。乃无端发生中日交涉，至一生事业，扫地无余。……又曰：功计于预定而上不行，过出于难言而人不谅，此中苦况，将向何处宣说？又日：我办了一辈子的事，练兵也，海军也，都是纸糊的老虎，何尝能实在放手办理，不过勉强涂饰，虚有其表，不揭破，犹可敷衍一时，如一间破屋，由裱糊匠东补西贴，居然成一净室，即有小小风雨，打成几个窟窿，随时补葺，亦可支吾对付，乃必欲爽手扯破，又未预备何种修葺材料、何种改造方式，自然真相破露，不可收拾，但裱糊匠又何术能负其责？又日：言官制度，最足坏事，故前明之亡，即亡于言官。此辈皆少年新进，毫不更事，亦不考究事实得失、国家利害，但随便寻个题目，信口开河，畅发一篇议论，藉此以出露头角，而国家大事，已为之阻挠不少。
光绪廿四年（1898），戊戌，七十六岁。
正月三日（1.24）康有为应传到总署，与翁同酥、李鸿章等谈变法，主张立制度局、新政局、练民兵、开铁路、广借洋债。康并通过翁同稣进呈（日本明治变政考》及《俄罗斯大彼得变政记》，以资借镜。
正月六日，总署大臣会商借款，依李鸿章议，英俄各借五千万两。
二月十一日（33）俄使要求租借旅大，限五日答复。
二月十四日（3.6）李鸿章、翁同抓与德使海靖订立胶州湾租借条约，允德租借九十九年，建筑胶济铁路。翁于此事颇寓感慨，其日记谓：“以山东全省利权、形势，拱手让之腥膻，负罪千古矣！”
三月六日（3.27）李鸿章、张荫桓与俄署使巴布罗福订立旅顺、大连租借条约，允将旅大租俄二十五年，俄国得在旅大设防及建筑自中东铁路至大连湾之支线―即日后之南满铁路。
三月廿三日（4.13）总署代康有为递陈变法折片，光绪命将康前后三折及日本变政记等书皆呈太后。
四月十日（5.29）恭亲王奕祈卒，年六十七。
四月廿三日（6.11）从御史杨深秀奏，光绪下诏更新国是，变法自强，先举办京师大学堂。
四月廿七日（6.15）翁同酥奉命开缺回籍。
四月廿八日，光绪召见工部主事康有为、刑部主事张元济，命康有为在总署章京上行走。
五月五日（6.23）诏命自下科为始，乡、会试及生童各试向用《四书》文者，改试策论。
五月十五日（7.3）总署奏上京师大学堂章程，诏派孙家鼎管理京师大学堂事务，并节制各省所设学堂，所有原设官书局及新设译书局均并人大学堂。
五月廿二日（7.10）诏改各省大小书院为兼习中学、西学之学校。
七月廿二日（9.7）命李鸿章敬信毋庸在总署行走。
