1998 年5 月19 日，国务院下发了《关于进一步深化粮食流通体制改革的决定》，提出“四分开一完善”的粮改政策，即政企分开、中央与地方责任分开、储备与经营分开、新老财务账目分开，完善粮食价格机制；并指出改革的重点是国有粮食企业，主要是落实按保护价敞开收购农民余粮、粮食收储企业实行顺价销售、粮食收购资金由农业发展银行封闭运行三项政策。但由于保护价早已经高于市场价，所以导致保护价无法实行，以及1996 ～ 1999 年粮食连年大丰收，全国的粮食总产量增加到50838.6 亿吨，库存积压严重，市场粮价下跌，粮食收储企业也无法实现顺价销售。最后的结果是大规模的国有粮食储备仓库出现空仓现象，严重危及国家粮食安全。
为了挽救这个危机， 2000 年春天，经国务院批准，中储粮总公司组建，专职从事中央储备粮的经营管理，实行垂直管理体制，对分布在全国的直属库、人、财、物实行垂直管理。
我国粮食储备与流通体制改革迈出重要步伐。
2000 年，在其成立之初，国务院对中储粮提出明确要求，即“确保中央储备粮数量真实、质量良好，确保国家需要时调得动、用得上”，即“两个确保”。所谓确保“数量真实、质量良好”，就是做到国家确定的储备粮规模、品种和质量与实物库存账实相符，并达到国家规定的质量标准，及时轮出品质不宜存和达到储存参考年限的粮食，轮入符合质量标准的新粮，做到常储常新，为社会提供放心粮源；所谓确保“调得动、用得上”，就是做到国家动用储备粮的指令下达后，库存储备粮能够高效、迅速地组织出库，能够按照政府宏观调控所要求的时间、地点、数量和品种向市场投放，以实现政府调控的目标。
而作为国务院确定的国家政策性粮油收购储备企业，中储粮的任务是，承担国家储备粮油的收购、储存、调运、拍卖销售业务。这些均被认定为政策性收储，国家财政将为此出资，企业同时还能获得售出补贴。中储粮的这个“特殊性”，使其成为对粮食市场竞争能够保持相对超脱的调节者的角色。而其在与国家粮食局“分家”后所获得的遍布全国的众多粮库和购销网点，也使它具备了吸储粮食、调节市场的能力。
时任中储粮总经理的包克辛在一次接受采访时说：“我们现在做的事，主要就是把企业行为和国家的宏观调控有机地结合起来。实际上就是‘高抛低吸’。价格高的时候往外抛，平息市场，价格低的时候吃进。把这个弯扭过来了，其实就和国家调控一致了。这四个字可以说是提供了一个很好的方向 。”“具体来讲，”包克辛说，“针对炒作，如果把价格弄高，那我们就抛；低的时候，比如现在东北的水稻和玉米价格低，我们就收。去年（2007 年）有段时间出现了连续性的价格较低的情况，这个时候就会伤农，所以，我们就大量地吃进。通过这种途径把市场的粮价稳住。”
“2004 年粮食体制改革后，中储粮作为国家政策储备粮企业，在平抑粮价，托市收购维护粮价方面做得还算可以。”一个大型粮食企业的高层人士如此表示。这个评价应该还是公允的。
有一个典型的情形是包克辛愿意经常讲的。中储粮的平抑粮价功能，针对南方的情况表现得很明显。一场大雨或者一场台风，船不能运了，粮价就得上去，经常有十天或者一个星期的粮价高峰，这时我们就必须及时出库，把价格打下来。这样一来，作为中储粮本身，既平抑了市场粮价又有了收益，等台风过去了我们再用船运过去把粮库补上……若以全国年产粮1 万亿斤，其中商品粮为5000 亿斤，中储粮实际收储额为500 亿斤左右。作为中国粮食市场的主要调控者，中储粮以其占市场份额10% 不到的收储能力，努力实现着中央所要求的“两个确保”和“三个维护”（维护农民利益、维护粮食市场稳定、维护国家粮食安全）。
