在转基因食品是否安全的问题上，反方认为，（一）转基因将破坏细胞内的DNA，同时也无法确定基因构建在基因长链中的具体位置，因而基因改造所带来的结果是无法完全控制的。英国普兹泰教授所做的转基因土豆试验、巴西坚果事件等经常被用作反方的例证。（二）由于转基因食品商业化的时间较短，依靠现有的科技水平，尚未证实使用转基因食品不会对人体造成不可预测的伤害。“现在安全，并不代表几十年以后安全，不能保证绝对安全就是拿人当小白鼠。”美国、日本、欧盟都禁止将它们的主粮如小麦等进行商业化种植，这在一个方面佐证着反方的观点。而正方主要援引世界卫生组织、联合国粮农组织、欧盟委员会等的相关文件表明转基因食品的安全性。他们质疑普兹泰教授的转基因土豆试验、巴西坚果事件等的真实性和可靠性。对欧美国家禁止食用转基因食品一说更是直接斥之为谣言，称美国种植的88% 的玉米、94% 的大豆都是转基因品种；欧盟的23 种转基因玉米、3 种转基因油菜、1 种转基因土豆、3 种转基因大豆、1 种转基因甜菜都用于食用；日本是全球最大的玉米进口国、第三大大豆进口国，其中大部分是转基因品种。正方还言之凿凿：转基因技术转入的是我们透彻了解的特定基因，而且采用了更精确的技术和更严格的管理，因此它们可能甚至比常规作物所制作的食品更安全。
在转基因植物是否会影响生态安全问题上，反方认为，转基因技术创造的外来物种进入自然环境中会导致生态灾难和环境危险。它们通过风媒和虫媒的作用，会同野生亲缘植物自然杂交，将对自然植物群落产生严重影响，而这将对生态安全带来风险。比如，已俘获了抗除草剂基因的杂草不再可能被清楚，其对环境的适应性和生存竞争能力得到了增强，害虫种类交替抗性因素得到进化，进而威胁生物的多样性、破坏生态平衡。反方最常援引的一个例子是，来自美国广播公司的一篇电视报道称，在美国阿肯色州一片100 万英亩的转基因大豆和棉花地中，转基因作物的基因飘移到了普通杂草身上，导致原来的普通杂草同样具有了抗除草剂的特性，即使喷洒再多的“章甘膦除草剂”也是徒劳的。这种杂草根系发达，可以长到七八英尺高，耐高温和长期干旱，联合收割机和手工工具对它都无能为力，它们成了所种大豆和棉花养分的强有力争夺者。而正方则强调，转基因抗病虫害等特性可以极大地减少农业除草剂和农药的使用，进而缓解滥用农药对水资源和土壤的破坏，更好地保护生态环境。
延伸阅读：湖南“黄金大米”事件2012 年8 月30 日，国际NGO 绿色和平组织向媒体表示，由美国塔夫茨大学的唐广文教授领导的一个科研小组近日发布了其对24 名中国湖南省儿童进行转基因大米人体试验的结果。该项研究旨在检验美国先正达公司研制的转基因“黄金大米”对补充人体维生素A 的作用。绿色和平组织说，美国的这项研究共选取了72 名6 ～ 8 岁的健康儿童，受试儿童全部是湖南省衡阳市一所小学的学生。研究者令其中24 名儿童在21 天的时间里每日午餐进食60 克“黄金大米”，并对其体内维生素A 含量进行检测，得出的结论是“黄金大米”与维生素A 胶囊效果相当。
“黄金大米”事件在中国引起轩然大波。相关的湖南省衡阳市当地政府、湖南省疾控中心及中国疾控中心相关研究人员先后给出不同解释，使事件变得更加扑朔迷离。人们围绕该试验是否获得中国权威部门伦理审核、参与试验的孩子和家长是否被告知真实情况、是否存在政府欺瞒和学术诈骗等进行了激烈争论，相关当事单位和个人受到了舆论界和网络的口诛笔伐。
事件以中国疾控中心声明没有批准此项试验及对相关研究人员进行停职处分告一段落，但人们对转基因粮食在中国的敏感程度又有了新的认识。
