孙中山等革命党人请教赵凤昌是事实，赵凤昌真诚提供帮助也是事实，但在过去的研究中，大家其实不明了赵凤昌为什么要这样做，就连赵凤昌的儿子赵尊岳其实也不明白这其中的奥妙，以为是赵凤昌利用革命党人去倒袁。这个看法显然并不真实。
其实，如果回想赵凤昌在孙中山抵达上海前一直帮助袁世凯，帮助南北和谈的事实，就知道赵凤昌高人高招，是要用南京临时政府打破南北谈判的僵局，赵凤昌不仅没有背叛疏远袁世凯，而是在用孙中山为袁世凯化解危机化解困境。道理非常简单，就在赵凤昌向孙中山作出这样建议的时候，唐绍仪发给袁世凯的电报，要求清廷承认共和，要求以国民大会去公决未来国体和政体的建议犹如泥牛入海，朝廷用了差不多一个星期都没有给出肯定或否定的答复，这个僵局在已有的南北和谈框架内很难打破，而且还有一个重要的障碍是，如果没有南京临时政府的过渡，而通过南北和谈直接将清廷移交给袁世凯，那么袁世凯势必成为中国历史上最尴尬的人物，成为乘人之危火中取栗的奸臣权臣，这既是袁世凯所不乐于为，当然他的这批朋友也不会让他这样做。这毕竟会有道德上的亏欠，非智者所为。而现在如果用孙中山，用南京临时政府予以过渡，一切都是那么顺理成章，一切都是那么自然天成。
更重要的一点是，孙中山恰恰具有这种素质和想法。当孙中山听到赵凤昌建府开基建议后，他在当天（12月26日）就主持召开了同盟会最高干部会议，讨论将要成立的南京临时政府究竟应该选择总统制还是内阁制。在孙中山已有的政治构想中，他其实可能更倾向于权力制衡的内阁制，以免总统总是处于权力要冲，成为各方攻击的目标。如果实行内阁制，总统只是国家象征，只是到了关键时期，到了内阁倒台或重大政治危机发生时，总统才具有协调的功能。然而，就在这一天，由于黄兴、陈其美、宋教仁等人分别向各省代表作了工作，提议由孙中山出任临时政府大总统，所以等到晚上开会讨论政治架构时，对民主政治、议会政治有着很深研究的宋教仁依然力主内阁制时，孙中山却坚决反对，以为内阁制不管有多少优长之处，但在目前并不合乎中国的需要。孙中山强调，内阁制乃平时不使元首当政治之冲，故以总理对国会负责，这个体制断非目前非常时代所相宜。我们现在不管谁去当总统，都不能既让他去当总统，又想方设法从制度上去怀疑这唯一置信之人。孙中山表示，我不肯听从各位的意见，自居于神圣赘疣，以误革命大计。他这实际上是威胁，各位如果一定要坚持内阁制，那么就请各位自便吧，兄弟就不陪你们玩了。
孙中山的态度深刻影响了黄兴，于是黄兴从挽留孙中山的立场上，反复劝说宋教仁谦让，劝说他取消提议。在黄兴等人劝说施压下，宋教仁从大局着想，表示让步，于是新政府的架构就完全采纳了孙中山的主张，实行总统制。而这恰恰又为后来的政治纷争预留了空间，埋下了伏笔，且使孙中山的政治信誉在民国初年受到了严重影响。
南京临时政府成立后，南北和谈的僵局确实很快被打破，特别是南京临时政府在行政方针上并没有宣传孙中山一直坚持的驱逐鞑虏，恢复中华等口号，没有提及孙中山一直自诩为创造的三民主义，没有说什么从军政到训政再到宪政等三个阶段说法。更重要的是，南京临时政府接受各方面建议，同意优待皇室，同意不再像革命年代那样攻击清代历史。这种种举措都为南京临时政府赢得了人心，特别是赢得了新军将领如段祺瑞的认同。段祺瑞或许没有把南京临时政府当作一支重要力量，但他的不反对不对南京动武，其实就是在默认赵凤昌等立宪党人的安排。
