9月30日，编纂官制馆例会。在这次会上，铁良与袁世凯就军机处问题发生了剧烈冲突，双方的看法大致代表了当时最典型的两个主张。袁世凯认为，按照君主立宪原则，军机处应该撤销，代之以责任内阁。这是大改的主张。铁良等人主张小改，反对建立责任内阁，主张在官制改革中销减各省督抚的权力，集权于中央，主张设立陆军部统辖全国军队，限制官吏兼职。
同一天（9月30日），御史刘汝骥野上一个奏折，反对实行君主立宪，以为如此改革是“有君主无责任”；反对袁世凯等人设立责任内阁的主张，以为如此必然是内阁把持朝局，紊乱朝纲，将召内乱。10月8日，御史赵炳麟也上了一个奏折，反对裁撤军机处设立责任内阁，以为朝廷将一切大权皆授予二三大臣之手，内而各部，外而诸省，皆二三大臣之党羽布置要区，行之日久，内外皆知有二三大臣，不知有天子。又一天（9日），内阁学士文海向朝廷上了一个折子，指责预备立宪有六大错，最大错就是准备裁撤军机处设立责任内阁。他认为，这个创议是袁世凯的一个阴谋，因此他郑重建议朝廷立即裁撤官制馆，赶走袁世凯。同一天，御史张瑞荫也有一个建议，以为军机处关系至大，尽善尽美，废之恐君权下移。10月11日，御史石长信上奏以为设内阁总理大臣迹近专擅，不利于皇权。又一天（10月12日），吏部主事胡思敬上奏以为君主立宪并不是什么新鲜玩意，只是窃取外国政治体制的皮毛，除了变更体制，惑乱人心，并不能有效解决我朝问题。至于让内阁总理大臣一统朝政，那么不论用亲藩，用满汉大臣，其结果都是恣睢自擅，窃弄权柄，启奸人窥伺之渐，于皇权不利。这些言官闲散轮番上奏，制造舆论，其目的当然都是朝廷暂缓废除军机处。
这些言官提出了一些问题，但是从大势上说，显然不合乎朝廷的期待。11月2日，庆亲王领衔进呈新官制计划书，就中央官制改革提出了一个新方案。这个方案的要点就是筹设真正意义上的责任内阁，在适当时机裁撤原来的行政中枢军机处及那个只是办事机构的内阁。当然，庆亲王等人在这个建议中表示，真正意义上的责任内阁并不是从原点起步，他的主要架构和职能其实就是原来的内阁和军机处。新的真正意义的责任内阁设政务大臣十四人，辅弼君上，代负责任。总理大臣一人，秉承圣谟，翊赞机务，平章内外政事。凡用人行政一切重要事宜，均由内阁总理大臣承旨施行。除立法、司法各官外，所有行政各官，内阁总理大臣均有表率之责，并有督饬纠查之权。这个新方案还是坚守了袁世凯先前的主张，还是一个大改革的办法。
新方案当然是对的，但是这些日子言官闲散，还有那些满洲贵族的反对意见也不能不考虑，慈禧皇太后和光绪帝承认这个新方案是对的，是可行的，但是他们还是在11月6日发布了一个“五不议”的懿旨，将军机处、内务府、八旗、翰林院、太监等五个大家争议最多的机构存废问题暂且搁置，期待以此减弱政治改革的压力和阻力。
关于军机处不议，懿旨给出的理由是，军机处为行政总汇，雍正年间本由内阁分设，取其近接内廷，每日入值承旨，办事效率高保密效果好，所以相承至今，尚无流弊，自然无须在这次官制改革中裁撤。内阁、军机处，一切规制，照旧实行。
“五不议”换来政治改革空间
军机处不议，乃至“五不议”的说法，在过去一百年一直没有多高评价，研究者批评者一致认为这个“五不议”就是清廷政治改革的底线，是保守的象征，也意味着清廷的虚伪。其实，各位批评者没有持续关注“五不议”的后续发展，慈禧皇太后和光绪帝其实是在用“五不议”换取政治改革的空间和可行性，绕开了反对派的阵地，迂回曲折地实现了既定目标。
按照“五不议”原则，军机处的存废不再讨论，但清廷却在随后的中央官制改革中继续为责任内阁预留了位置和空间。根据朝廷的宣布，军机处、内阁就这样继续存在，但中央官制却进行大幅度调整，其各部尚书均兼任参预政务大臣，轮班值日，听候召对。外务部、吏部按照过去的设置继续存在；巡警为民政一个方面，改归民政部；户部改为度支部，财政处并入；礼部照旧，将太常、光禄、鸿胪三寺并入；学部仍旧；兵部改为陆军部，练兵处、太仆寺并入；将来再设海军部及军谘府，未设立之前，功能归陆军部；刑部改为法部，专任司法；大理寺改为大理院，专掌审判；工部并入商部，改为农工商部；轮船、铁路、电线、邮政均设专司，合组邮传部；理藩院改为理藩部。如此，中央各部院的改革、创制不仅实现了1898年以来改革先进的理想，将中央层面按照三权分立的原则进行重构，这就为后来的政治发展预留了极大空间和机会。
还有一个最值得注意的变革是，先前一直争执的满汉冲突尤其是中央政府层面的“满汉双轨制”在“五不议”背景下，竟然轻而易举地化解掉了：按照新官制，各部院正职只设一人，副职二人，不分满汉，种族或其他特殊的身份背景不再成为朝廷用人标准，一切均在宪政体制下进行考量。从这个意义上说，“五不议”的意义就是将这五个争执最大的问题暂且搁置，不挑逗不争论，集中精力改革那些应该改革也能够改革的问题。
“五不议”最大限度地搁置了那些极富争议的政治议题，“军机处不议”最大限度地容忍了中央权力架构按照君宪体制下的三权分立重新建构，至《钦定宪法大纲》颁布，政治改革路线图非常清晰，中央政府层面先设置一个准议会的资政院，然后筹备组建一个责任内阁，待责任内阁正式设立，就标志着国家进入了君主立宪的新时代，而这个新时代就不再有军机处等非常机构的任何地位，军机处的消失一下子变得那么顺理成章，水到渠成。
1911年5月8日，清廷公布《内阁官制》和《内阁办事章程》两个文件。根据这些文件，责任内阁就是国家的行政中心，在皇帝领导下，对议院负责，享有处置全国行政事务的大权，这对于重建中央政府层面的三权分立，当然是一个比较重要的尝试，也意味着中国就此将要进入一个新时代。如果仅从政治变革意义上说，我们不能不承认“五不议”，特别是“军机处不议”是政治变革中的大智慧。
至于责任内阁不经意变成了皇族内阁，并将这个王朝拖入深渊，那是另外一个问题，并不表示责任内阁不该建立，军机处不该废除。
在谈到晚清立宪运动时，摄政王载沣是无论如何也绕不开的人物。他在两宫相继去世后全权负责清廷日常事务，他的看法与做法直接影响了宪政的方向与步骤。
