辞别了黄绍箕，康有为郁郁不乐地回到了南海会馆。不一时，林旭来谈，据他所知，英国与俄国今天已经开仗，今天晚上慈禧太后也突然提前从颐和园返回宫中。这一新的变化自然引起康的注意，他侥幸地认为，外交危机的突然到来，或许能够缓解国内的政治冲突。他觉得慈禧太后等那些守旧势力无论怎样痛恨他们这些维新派，都不会在外交危机的严重关头发动政变，于是稍微安心，对于已经确定的离京出走计划又表示了犹豫。
康的犹豫在其门生弟子中引起了激烈的反响。他们判断，只要康能够顺利逃脱，即便他们留在京城有什么危险，那么凭借康与西方各国的关系，也一定会被救助。于是谭嗣同拔刀以救皇上自任，促康有为快点成行；梁启超、康广仁等甚至下跪恳求他尽快微服出行。然而康此时似乎觉得既然已经发生了外交危机，他个人的危险可能不会很快就发生，所以不想立刻逃走。他说：“死生命也，过去我在广州归德门之华德里行走的时候，有飞砖突然坠地，掠面而下，若移寸许，必死无疑。”以生死有命的姿态面对或许真的将要到来的危机。
康有为的这种坚持无法获得其弟子门生的认同，他们都感觉到计划可能已经暴露，康如果坚持不走，清政府就有可能一网打尽，这样他们就毫无反抗的可能，而且罪名也将是非常难听的谋反、犯上等之类。
在弟子门生的强烈要求下，康有为同意留下梁启超、康广仁等人继续在京城“谋救”皇上，他携仆人李唐于9月20日天未明时凄凉离京，丝毫没有奉谕旨赴上海督办官报的“钦差大臣”感觉。
最危险的地方也是最安全的地方。遵循这一原则，离京之后的康有为并没有接受朋友的建议绕开荣禄的辖地天津，更没有易僧服远走内蒙，而是直奔天津。
在天津，他先是搭乘“新济号”轮船，旋即离去，改乘英国太古公司的“重庆号”直奔上海。在赴上海的途中，北京的情况发生急剧变化，清政府下令通缉康有为，而他的行踪也为清政府所获知。上海道台曾照会英国领事，要求其答应在船上逮捕康。该照会被退回，要求成了泡影。道台不得已遂于24日早晨起督率众多捕吏兵卒前往上海码头严密警戒，等待着天津的来船，搜查一二轮船而未获。
停泊在上海港的英国军舰“Esk”号，预先得知康有为将乘坐“重庆号”抵达，天未明即悄悄从上海港出发，到吴淞口外等候。至当日下午，果然看见“重庆号”向吴淞口开来，“Esk”号立即派出一只小蒸汽船逆流开向“重庆号”，而不顾“重庆号”是否拒绝。两名下士官飞跃而登“重庆号”，先持照片向该船司务询问康有为之所在。两人先在第三号房与康见面，依照英国领事之命将其逮捕。由于语言不通，遂将康有为带至大餐间，通过翻译，康有为才领会其意思。于是匆匆收拾行李，在英国士官的引导下，与其他三名像是康党的广东人乘小蒸汽船转到“Esk”号上。稍后，康有为一行换乘皮奥轮船公司的“Bollarat”号，在英国军舰“Bonaventure”号的护送下离开上海，于9月29日夜里十一时左右抵达香港。当轮船行驶到口啊里湾时，水上警察立即派小蒸汽船将康护送到中环警察总署。为了防止刺客，港英政府实行了严密的戒备。
在康有为逃亡香港的同时，在广东原籍的康氏族人，如康的母亲及异母弟等也先后逃至澳门。康氏门人约二十人在康抵达香港的前三四日也分别来到香港避难。
康抵达香港的第二天，即9月30日，法、德等国家驻香港领事迅即拜访了他，而康最想取得联系的是日本驻香港领事上野季三郎，他在这一天迅即秘密委派心腹弟子前往日本驻香港领事馆，转达他的意思。当天下午三时许，上野季三郎以个人的名义访问康有为，然而由于警察署长不在未能如愿。因为未经署长本人的许可，任何人不得与康见面。上野季三郎与康有为未能见上面，康又委派心腹弟子王觉任、何树龄二人前往日本驻香港领事馆，秘密请求上野季三郎将康有为致日本驻华公使矢野文雄的电报代为发出。电报称：“上废国危奉密诏求救敬诣贵国若见容望电复并赐保护有为”；另有一封电报致日本横滨大同学校徐勤，云“欲东来告大畏若见容乞电复并赐保护若”。
上野季三郎答应了这个请求，但考虑到将这封电报发给矢野文雄的手续太繁杂，遂直接发往东京日本外务省，请求由外相大畏重信处理。
康有为电报中宣称他在离开北京前曾亲奉皇帝的密诏，对于这一说法，上野季三郎并不表示怀疑。不过对于康的电报以及其弟子所表达的希望到日本避难的请求，上野季三郎感到踌躇。他认为，康逃亡途中一直受到英国方面的保护，如果此时遽然前往日本，肯定会伤害英国政府的感情。这不仅对康本人不利，而且也势必将牵涉日、英两国的关系。
日本方面的犹豫导致康有为的想法在改变。10月8日，他向上野季三郎表示，他有意于赴美、英途中访问日本，询问在日本期间能否获得日本政府的保护。对于这一请求，日本方面没有丝毫的犹豫，第二天（10月9日），日本外相大畏重信致电上野季三郎，请他转告康有为，他在日本期间将获得“适当的保护”。康有为遂转赴日本，开始了他的流亡生涯。
