革命党人在武昌起义后，特别是上海光复后，确实一直忙着筹建新政府，只是他们在过去十七年中一直流亡海外，对国内政治发展缺少了解，又没有多少有用的人脉，所以革命党人要想成立新政府，也不能不求助于立宪党人。而革命党人中的黄兴、宋教仁等，在这之前都与赵凤昌有过一些联系。等到孙中山12月25日回到上海，第二天“拜码头”朝拜赵凤昌时，赵凤昌一句“开府建基”点破其中所有玄机与奥妙，由此不到一个星期，一个全新的“临时政府”就在南京宣布成立了。
赵凤昌的提示肯定深刻启发了孙中山和革命党人。此后，孙中山多次前往惜阴堂求教，与赵凤昌及南北政界要员协商统一建国诸要政，特别是怎样网罗英才，兼纳众流，怎样筹款、化解财政困境等。赵凤昌有很好的建议，熊希龄、庄蕴宽、汤寿潜、张謇等也都是赵凤昌向孙中山、黄兴、宋教仁等人推荐的，而孙、黄、宋也就其他人选先期征询赵凤昌的意见，赵从立宪党人一变而成为南方革命党仰仗的重要靠山。这对于南京临时政府的成立，以及此后南北关系的突破，起到了很大作用。
孙中山等革命党人请教赵凤昌是事实，赵凤昌真诚提供帮助也是事实，但在过去的研究中，大家其实不明了赵凤昌为什么要这样做，就连赵凤昌的儿子赵尊岳也不明白这其中的奥妙，以为是赵凤昌利用革命党人去倒袁。这个看法显然并不真实。
其实，如果回想赵凤昌在孙中山抵达上海前一直帮助袁世凯，帮助南北和谈的事实，就知道他高人高招，是要用南京临时政府打破南北谈判僵局，赵凤昌不仅没有背叛疏远袁世凯，反而在用孙中山为袁世凯化解危机化解困境。否则，如果没有南京临时政府的过渡，而通过南北和谈直接将清政府移交给袁世凯，那么袁世凯势必成为中国历史上最尴尬的人物，成为乘人之危、火中取栗的奸臣权臣。
谁的临时政府
更重要的一点是，孙中山恰恰具有这种素质和想法。当孙中山听到赵凤昌开府建基建议后，他在当天（12月26日）就主持召开了同盟会最高干部会议，讨论将要成立的南京临时政府究竟应该选择总统制还是内阁制。在孙中山已有的政治构想中，他可能更倾向于权力制衡的内阁制，以免总统总是处于权力要冲，成为各方攻击的目标。如果实行内阁制，总统只是国家象征，只有到了关键时期，到了内阁倒台或重大政治危机发生时，总统才具有协调的功能。
然而，就在这一天，黄兴、陈其美、宋教仁等人分别向各省代表做了工作，提议由孙中山出任临时政府大总统，所以等到晚上开会讨论政治架构时，对民主政治、议会政治有着很深研究的宋教仁依然力主内阁制，孙中山却坚决反对，以为内阁制不管有多少优长之处，但在目前并不合乎中国的需要。
孙中山强调，内阁制乃平时不使元首当政治之冲，故以总理对国会负责，这个体制断非目前非常时代所相宜。我们现在不管谁去当总统，都不能既让他去当总统，又想方设法从制度上去怀疑这唯一置信之人。孙中山表示，我不肯听从各位的意见，自居于神圣赘疣，以误革命大计。他这实际上是威胁，各位如果一定要坚持内阁制，那就请自便吧。
孙中山的态度深刻影响了黄兴，于是黄兴从挽留孙中山的立场上，反复劝说宋教仁谦让，劝说他取消提议。在黄兴等人的劝说施压下，宋教仁从大局着想，表示让步，于是新政府的架构就完全采纳了孙中山的主张，实行总统制。而这恰恰又为后来的政治纷争预留了空间，埋下了伏笔，且使孙中山的政治信誉在民国初年受到严重影响。
