尽管张元奇和安福系一时还没有足够的理由扳倒傅增湘和蔡元培，但他的恫吓也不能不引起傅增湘的重视。4月1日，蔡元培应傅增湘的要求到教育部面谈一切。由于年初以来外间议论纷纷，《新青年》早在2月15日出版的6卷2号开篇就刊登大字声明，否认《新青年》与北大有直接的隶属关系。声明指出，“近来外面的人往往把《新青年》和北京大学混为一谈，因此发生种种无谓的谣言。现在我们特别声明：《新青年》编辑和做文章的人虽然有几个在大学做教员，但是这个杂志完全是私人的组织，我们的议论完全归我们自己负责，和北京大学毫不相干”。这个声明一方面告诉人们外间的谣传还真的不少，而且时间也比较早；另一方面为保护北大和蔡元培，陈独秀等人理直气壮地声明这个杂志与北京大学无关。
《新青年》编辑部的声明减轻了蔡元培的一个压力，蔡元培需要向傅增湘并通过傅增湘向安福系说明的只是《新潮》杂志的问题。
《新潮》确实是经蔡元培、陈独秀同意出版的一个刊物，其经费补助也来自北大官方。根据傅斯年的回忆，他与罗家伦、顾颉刚、潘家洵（介泉）、徐彦之（子俊）等同学在蔡元培“思想自由、兼容并包”教育理念的影响下，觉得应该成立一个社团，创办一本杂志，表达一些主张，为自己将来走向社会提供一次锻炼的机会，所以他们想到了创办新潮社，创办《新潮》杂志，并由徐彦之找文科学长陈独秀汇报，得到陈独秀的大力支持。陈独秀表示：“只要你们有办的决心和长久支持的志愿，经济方面可以由学校担负。”所以说，《新潮》当然是北大的刊物，尽管是以学生为主体。
有了陈独秀的表达和支持，傅斯年等人加快了筹备步伐。1918年10月13日，他们召开第一次预备会，确定了杂志的基本宗旨：
一、批评的精神；
二、科学的主义；
三、革新的名词。
基于这三点宗旨，徐彦之将杂志的英文名字定为：TheRenaissance，直译应该是“文艺复兴”，而中文名字在罗家伦的坚持下定为“新潮”，其实也蕴含着英文的意思，两个名字恰好可以互译。11月19日，开第二次会，把职员举妥，着手预备稿件。北大图书馆馆长李大钊把图书馆的一个房间拨给新潮社使用，北大出版部主任李辛白帮助他们把印刷、发行等事情搞定。于是到了1919年1月1日，《新潮》如期面世。
《新潮》出版之后很快发生很大的影响，有几家报纸几乎天天骂《新潮》，几乎将骂《新潮》作为他们的职业。甚至在北大的某某几个教员休息室里，也从此多事。傅斯年等人不免有受气负苦的地方，甚而至于树若干敌，结许多怨，尤其是傅斯年和罗家伦两个人，更是因此成为许多人攻击的对象。特别是有位“文通先生”，一贯和北大过不去，所以当《新潮》出版两期之后，他又开始看不惯，有一天拿着两本《新潮》和几本《新青年》送给地位更高的一个人看，加了许多非圣乱经、洪水猛兽、邪说横行的评语，纵容这位地位最高的来处治北大和傅斯年等人。
这位地位最高的交给教育总长傅增湘斟酌办理，并示意蔡元培辞退陈独秀、胡适这两位教员，开除傅斯年和罗家伦这两位学生。这就是当时传言的所谓“四凶”。他们之中两个是《新青年》的编辑，两个是《新潮》的编辑。所以仔细阅读蔡元培复林纾的信，可以感觉到蔡元培在那封信里，并不只是对林纾说话，而且是向徐世昌喊话。
接着就是所谓新参议院的张元奇找到傅增湘，要求查办《新青年》《新潮》和蔡元培，弹劾傅增湘。再接着，就是林纾即傅斯年所说的那位“林四娘”找到“他的伟丈夫”徐树铮。接着就是老头子们罗咤当局，当局罗咆蔡元培。接着就是谣言大起。校内校外，各地报纸上，甚至辽远若广州，如成都，也成了报界批评的问题。谁晓得他们只会暗地里投入几个石子，骂上几声，罗咤几回，再不来了。按照罗家伦在《北京大学与五四运动》中的说法，这位“文通先生”就是江瀚，而那位“地位最高”的，就是大总统徐世昌。
最高当局对蔡元培对北大已经严重不满，接下来或许会有所宣布，所以在“五四”前夕，北大和蔡元培实际上处于非常困难的状态，他们之所以在巴黎和会外交失败的传言影响下一跃而起，在很大程度上可能还有主动出击，变被动为主动的意思。
