按照胡适后来的说法，蔡元培颇不愿意此时“去”独秀，因为这样一来等于承认外面的谣言是对的。而汤尔和不知什么原因力言陈独秀私德太坏，并根据外间传言添油加醋地渲染陈独秀狎妓事，说陈独秀与北大诸生同昵一妓，因而吃醋，陈独秀将该妓女下体挖伤以泄愤。汤尔和认为此种行为如何可作大学师表。这个说法其实与林纾的攻击一致。
汤尔和滔滔不绝讲了几个小时，劝蔡元培解除陈独秀的聘约，并要制约胡适一下，其理由无非是要保存机关、保存北方读书人一类似是而非之谈。
蔡元培一直不说一句话，直到汤尔和等人说了几个钟头后，方才点到问题的根本。汤尔和说，如果我们一味保护陈独秀，那么北洋政府就不会放过北大，那么我们多年来的辛苦就将付诸东流。这句话真的打动了蔡元培。蔡元培站起来说：“这些事我都不怕，我忍辱至此，皆为学校，但忍辱是有止境的。北京大学一切的事，都在我蔡元培一人身上，与这些人毫不相干。”
而且，那时，蔡元培还是进德会的提倡者，所以当听了汤尔和等人所讲的陈独秀那些“私德”后，也不好再为陈独秀辩护。
政府诸公的闹心
北大内部纠纷有着复杂背景，陈独秀案只是新派知识分子内部纠纷的一种表现，更多的当然还是新、旧两种思想观念的冲突。我们知道，北大之所以惹来外部麻烦，其实就是从1919年1月1日发行《新潮》杂志始。
林纾、张厚载以及报章杂志如《公言报》的批评说到《新潮》，而最直接的警示，则是来自对北大爱护有加的教育部长傅增湘。傅增湘3月26日致函蔡元培说：“自《新潮》出版，辇下耆宿对于在事员生，不无微词。”“近顷所虑，乃在因批评而起辩难，因辩难而涉意气。倘稍逾学术范围之外，将益启党派新旧之争，此则不能不引为隐忧耳。”傅增湘对《新潮》所代表的激进思想高度关注。
傅增湘对激进思想的关注主要来自政治高层和守旧势力的压力。段祺瑞和安福系对蔡元培的教育理念很不感冒，他们其实一直在关注着蔡元培和北大的动静，担心教育上出问题，担心学生闹事。所以从蔡元培、陈独秀，乃至汤尔和、马叙伦、沈尹默等人的理念和防范看，其实也是一直在提防着段祺瑞和安福系的黑手。
说来其实也很奇怪。段祺瑞和安福系的主要人物都来自安徽，而陈独秀、胡适这些人也是安徽人，但是这两股安徽势力各自争锋，他们就是不愿意交叉不愿意沟通，宁愿与外省人一起收拾安徽人。这也算是安徽人的劣根性了。所以陈独秀在6月被捕时所散发的传单，其主要斗争矛头就是段祺瑞和安福系的徐树铮、段芝贵等人。
大约在3月末，安福系参议员张元奇以北大教员、学生鼓吹新思潮的“出版物实为纲常名教之罪人”，特地前往教育部，请教育总长傅增湘加以取缔，当时携去《新青年》和《新潮》等杂志为证。张元奇还表示，如教育总长对此无相当之制裁，则将由新国会提出弹劾教育总长案，并弹劾大学校长蔡元培。但据新国会中的人说，弹劾案的提出须得到多数议员的赞成，此次张元奇表示要弹劾傅增湘，只不过是参议院中少数耆老派的意见，并不能形成参议院的共识。张元奇向傅增湘提出警告，不过是恫吓而已。
