就事实而言，蔡元培分三点解释辩白北大并没有林纾所说的覆孔孟、铲伦常、尽废古书这三项情事，外间传言并无根据。借此机会，蔡元培公开重申他办教育的两大主张：
一、对于学说，仿世界各大学通例，循思想自由原则，取兼容并包主义。无论何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之运命者，虽彼此相反，而悉听其自由发展。
二、对于教员，以学诣为主。其在校讲授，以无背于思想自由、兼容并包主张为界限。其在校外的言论行动，悉听自由，学校从不过问，当然也就不能代其负责。比如帝制复辟的主张，为民国所排斥，但本校教员中照样有拖着长辫子而持复辟论者如辜鸿铭，以其所授为英国文学，与政治无涉，所以也就没有人管他；再如筹安会的发起人，被清议所指为罪人，然而在北大教员中就有刘师培，只是他所讲授的课程为中国古代文学，亦与政治无涉，所以也就没有必要由学校过问；至于嫖、赌、娶妾等事，为北大进德会所戒，教员中有喜作侧艳之诗词，以纳妾、狎妓为韵事，以赌为消遣者，苟其功课不荒，并不引诱学生与之一起堕落，则亦听之。夫人才至为难得，若求全责备，则学校就没有办法办下去。且公私之间，自有天然界限。即便如您老琴南公，亦曾译有《茶花女》《迦茵小传》《红礁画桨录》等小说，而亦曾在各学校讲授古文及伦理学，假使有人批评您老以此等小说体裁讲文学，以狎妓、奸通、争有妇之夫讲伦理学，难道不觉得好笑吗？然则革新一派，即或偶有过激之论，但只要与学校课程没有多大关系，何必强以其责任尽归之于学校呢？
蔡元培的解释或许有道理，但在林纾看来，他之所以公开致信蔡元培，实际上并不是指责蔡元培管理不力，而是期望他能够利用自己的背景特别是与那些年轻激进分子的特殊关系，方便的时候稍作提醒，不要让他们毫无顾忌地鼓吹过激之论，对于传统，对于文学，还是持适度的保守态度比较好。他在写完致蔡元培公开信的第二天，就在一篇小文章中表露过自己的这点心迹，他表示自己多年来翻译西方小说百余种，从没有鼓吹过弃置父母，且斥父母为无恩之言。而现在那些年轻一辈何以一定要与我为敌呢？我林纾和他们这些年轻人无冤无仇，寸心天日可表。如果说要争名的话，我林纾的名气亦略为海内所知；如果说争利，则我林纾卖文鬻画，本可自活，与他们并没有什么关联，更没有利害冲突。我林纾年近古稀，而此辈不过三十。年岁如此悬殊，我即老悖癫狂，亦不至褊衷狭量至此。而况并无仇怨，何必苦苦追随？盖所争者天理，非闲气也。林纾似乎清醒地知道，他与胡适、陈独秀这些年轻人发生冲突，对自己并没有多少好处，肯定会招致一些人的攻击谩骂，但因为事关大是大非，他也不好放弃自己的原则听之任之。林纾决心与新文化的倡导者们周旋到底。
然而林纾为道义献身的想法并不被新知识分子圈所认同，当他的《荆生》《妖梦》及致蔡元培的公开信发表之后，立即引起新知识分子圈的集体反对。李大钊正告那些顽旧鬼祟，抱着腐败思想的人应该本着所信道理，光明磊落地出来同新派思想家辩驳、讨论。鲁迅也抓住林纾自称“清室举人”却又在“中华民国”维护纲常名教的矛盾性格大加嘲讽，敬告林纾您老既然不是敝国的人，以后就不要再干涉敝国的事情了罢。《每周评论》第12号转载《荆生》全文，第13号又组织文章对《荆生》逐段点评批判，并同时刊发“特别附录”《对于新旧思潮的舆论》，摘发北京、上海、四川等地十余家报纸谴责林纾的文章。
传言的困扰
林纾在致蔡元培的公开信中说：“大学为全国师表，五常之所系属。近者外间谣该纷集，我公必有所闻，即弟亦不无疑信。”
