胡仁源出身南洋公学特班生，与蔡元培有师生之谊。按蔡元培的印象和评估，胡仁源后留学英国，虽为工科出身，但具有一定哲学思想，文笔工雅。这在蔡元培看来也是一大优点，认为性近文史哲的学生肯习工艺，尤为难得。胡仁源留学回国后入北大，曾任北大工科学长，并一度代理过校长。蔡元培主持北大后，仍请胡仁源任工科学长，而胡仁源不愿，遂改聘他人。
以曾经代理校长的人来接替蔡元培，资格自然没有问题，应该是一个不错的人选。只是政府内外一些人太急于除掉蔡元培，所以他们推戴胡仁源竟然不择手段，结果弄巧成拙。这些人一方面运动北大学生欢迎胡仁源出任校长，一方面发表“燃犀录”，捏造故事，丑诋蔡元培及沈尹默、理科学长夏元理等人。这些一捧一打的手法激起北大学生公愤。北大学生群起抗争，公开宣布拒绝胡仁源出任校长，甚至查明那些煽动欢迎胡仁源的学生并给予制裁。
“拒胡迎蔡”
6月6日晚，北大学生举行全体大会，就政府任命胡仁源为校长一事通过两项决议：
一、推举代表求见胡仁源，警劝其万勿来校；
二、上书总统，请收回成命。
北大全体学生在上总统呈文中以为政府任命胡仁源为校长不合情理，因为蔡校长第二次来电，只说“卧病故乡，未能北上”，并没有说坚决不北上。蔡校长既然没有再次辞职，政府亦没有罢免明文，那么突然任命胡仁源，不仅不合乎情理，而且也没有依据。现在这样突然任命，显然是想拒绝蔡校长北上复职。这是从期待蔡元培回校复职立场上说的。
从胡仁源情况看，北大学生在呈文中表示，其学问信望，均不足以担当北大校长职务，学生为自身学问计，为教育前途、国家前途计，决不敢妄从明令，听其蠡贼大学，戕害国本。北大学生的要求非常简单，就是拒绝胡仁源，欢迎蔡元培：“拒胡迎蔡”。
北大学生的态度深刻影响了教职员。第二天（6月7日）下午，北大全体教职员两百余人召开紧急大会，一致决议不承认胡仁源为北大校长，继续坚持要求政府催蔡元培返校复职。当天，全国学生联合会筹备处也公开致电总统府、国务院、教育部，坚拒胡仁源出任北大校长，继续坚持挽留蔡元培。
北大师生及全国学生的要求并没有得到政府及时积极回应。11日，北大教职员再度集会发布声明，宣称北大校长除蔡元培外，绝不承认第二人。北京中等以上学校教职员联合会也向大总统徐世昌、总理钱能训递交呈文，反对任命胡仁源为北大校长，请求政府继续挽留蔡元培。北京中等以上学校教职员联合会同时致信胡仁源，警告其不要贸然到北大就职，因为时局关键主要是恢复教育原状，而恢复教育原状的关键就是各校校长一律复职，而各校校长一律复职的关键又是蔡校长能否复职。
12日，全国和平联合会也致电总统府、国务院、教育部，表达类似看法，请求政府拿出诚意去平息此次风潮，不要游弋，不要举棋不定，一定要出以至诚挽留蔡元培。只有让蔡校长复职，方才有办法化解教育危机。假如政府执意对抗公意，任命他人接任，那么教育前途必将陷于更加危险的境地。
绝不做不自由的校长
很显然，教育界挽留蔡元培大致是真诚的，政府中的一些人挽留蔡元培也是真诚的，但政府中还有一些人，比如“安福系”那些人就不一样了，他们不仅不愿意挽留蔡元培，而且坚决主张罢免他甚至追究他的责任。现在政府内一再出台后来被认为是“馊主意”的换人方案，在很大程度上说明了安福系的心迹。
鉴于此种状况，蔡元培太清楚不过地知道自己应该如何做，为了自己的羽毛，更为了北大的未来，为了北大不致在僵局中被撤销，蔡元培于6月15日再发宣言，重申不肯再回北大任校长的决心：
一、我绝对不能再做那政府任命的校长。因为北京大学校长是简任职，是半官僚性质，便生出许多官僚的关系，哪里压呈，哪里用咨，天天有一大堆无聊公牍。要是稍微破点例，就要呈请教育部，候他批准。什么大学文理科叫作本科问题，文理合办问题，选科制问题，甚而小到法科暂行学长问题，附设中学问题，都要经那拘文牵义的部员来斟酌。甚而部里还常常派了什么一知半解的部员来视察，他报告了，还要发几个训令来训饬几句。我蔡元培是个痛恨官僚的人，能甘心仰这些官僚的鼻息吗？我将进北大时，没有想到这一层，所以两年有半，天天受这个痛苦。现在苦痛受足了，好容易脱离了，难道还肯投入进去吗？
二、我绝对不能再做不自由的大学校长。思想自由，是世界大学的通例。帝制时代的德意是世界著名的君主专制国家，但它的大学何等自由？那美法等国更不必说了。北京大学向来受旧思想的拘束，是很不自由的。我蔡元培进去了，想稍稍开点风气，请了几个比较有点新思想的人，提倡点新的学理，发布点新的印刷品。这些东西如果用世界新思想来比较，用我的理想来批评，还算是半新的。在新的一方面偶有点沾沾自喜的，我还觉得好笑。哪知道从旧的一方面看，看了这点半新的，就像洪水猛兽一样了。又不能用正当的辩论法来辩论，鬼鬼祟祟，想借着强权来干涉。于是教育部来干涉了，国务院来干涉了，甚而什么参议院也来干涉了，世界上有这种不自由的大学吗？还要我去充当这种大学的校长吗？
三、我绝对不能再到北京的学校任校长。北京是个臭虫窠，这是民国元年袁世凯所送的徽号。所以，无论何等高尚的人物，无论何等高尚的事业，一到北京，便都染了点臭虫的气味。我已经染了两年有半了，好容易逃到故乡的西湖、鉴湖，把那个臭气味淘洗净了。难道还要我再去做逐臭之夫，再去尝尝这气味吗？
我想有人见了我这一段话，一定要用“我不入地狱，谁入地狱”的话来劝勉我。但是我现在实在没有到佛说这句话时的程度，所以只好谨谢不敏了。
这大概就是蔡元培此时的心声。
不过，这篇措辞激烈的宣言在亲友劝说下并没有公开发表，而是由其堂弟蔡元康拟了一个广告稿交给上海各报，以回应北京政府的一系列举动：
孑民家兄回里后，胃病增剧，神经非常衰弱，医生切嘱屏绝外缘，现正紧要关头，不许见客，不许传阅函电。辱承亲友存问，深以不能接见为歉。特用代为声明，凡我至亲好友，务请勿劳驾，勿惠函电，俾得静养。种种不情，诸希亮察。
按照蔡元培手拟的声明，北上复职的大门似乎完全关闭了，毫无弹性；而按照蔡元康发布的这个广告，事情还有回旋余地，并没有把大门完全关上。蔡元培能否重回北大复职，关键还在各派政治势力较劲，在朝野各界角逐。
