蔡元培为什么在先前已答应复职，这时突然反悔拒绝呢？一个重要理由是他通过这些天的观察和思考，觉得北京政府对他的慰留并无诚意。而这些观察与思考，其实也是他周围那帮朋友的观察与思考。这在蒋梦麟5月24日致胡适的信中就有些微痕迹，蒋梦麟一方面劝胡适等北方教育界同仁委曲求全，尽量保全北京大学；另一方面怀疑北京大学很可能最终保不住，他一再告诫胡适注意：“如你看来大学有不能保存之势，也要早些写信给我。我们可以早些预备你们来上海。”这些判断肯定深深影响了蔡元培，使蔡元培觉得既然政府可能在他复职后撤销北大，那么他何必回去第二次受辱？
“留蔡”与“去蔡”
或许蔡元培的敏感是对的。北京政府在外界压力下表示过挽留蔡元培，教育部代理部务的次长袁希涛也应该是出于真诚，但是政府政治高层鉴于学潮不断、罢课不断、游行不断的事实，也想来个“根本解决”。与其迁就外界压力召回蔡元培，北京教育界乃至全国教育界继续不得安宁，干脆长痛不如短痛，快刀斩乱麻，批准蔡元培辞职，另找听话的大学校长，示范天下，稳定政治秩序。蔡元培的开明民主，兼容并包、思想自由等主张，在政府高层看来，就是一切不安宁的根源。
政府执意“去蔡”是基于这一点，而学术界、教育界执意要求政府挽留蔡元培，实际上也是基于这一点。这一微妙的心理较劲，当时许多人都看到了。6月3日，蔡元培收到汤尔和的来信，汤尔和就不主张蔡元培北上复职。汤尔和的理由非常简单：“来而不了，有损于公；来而即了，更增世忌。”与其两面不讨好，不如暂时退隐。
为了向政府施加压力，京沪知识界在教育界大佬把握掌控下，有节制地进行罢课、游行示威，甚至有节制地动员市民参加。5月19日，北京各校学生罢课；26日，上海各校学生跟着罢课，人数达两万多人。京沪学生发表宣言，要求政府维持北大校长蔡元培职位及大学尊严。这些活动背后，都有人主持或操刀，有人把握着火候。在上海，幕后重要人物其实就是蒋梦麟、黄炎培等东南教育界重量级人物。蒋梦麟5月26日写给胡适的信中，就非常得意地透露出这一点，表示当天的罢课，“弟等已将舵把住，不至闹到无意识”。这样一来，“五四”前后的所谓“学生运动”，其实幕后都有“推手”在“运动”学生。
蔡元培不愿复职的消息传到北京后，又引起新一轮抗议。6月2日，北大学生张国焘等人在市区讲演时被警察逮捕。第二天，北京各校学生游行示威，政府出动警察进行镇压，又有四百余人被逮捕。6月4日，军警又拘捕学生七百余人。北京大学成了一个庞大的“临时监狱”。6月5日，北京学生五千余人向警察厅自请入狱，北京教育界陷入一片混乱恐慌之中。学潮还引发了社会动**。这一天，上海市民开始罢市，标志着学潮有向社会蔓延的趋势。
新校长来了
诚如蔡元培所预感的那样，政府对他的挽留确实比较勉强，政府在他请辞后确曾任命马其昶接替，只是这一计划在北大师生的反对声中并没有变成现实，但这一点确实使蔡元培很受伤，一直爱惜羽毛的蔡元培更不敢轻举妄动，自取其辱。
蔡元培感觉到了政府的不真诚、不情愿，当然不愿返校复职。蔡元培的感觉是对的，政府鉴于那几年学潮不断，确实不想让蔡元培复职。从这个意义上说，蔡元培不愿复职的声明其实帮助了政府，使政府找到了一个化解僵局的途径。在政府高层看来，既然蔡元培不愿回校复职，那么就顺手牵羊将他免职吧。6月5日，内阁会议决定批准蔡元培的请求，准许其辞去北京大学校长，并任命胡仁源继任。第二天，大总统徐世昌照此发布大总统令。胡仁源如果能顺利接下北京大学这个烂摊子，北京乃至全国学潮可望很快结束。
