在袁希涛代理部务第二天（12日），情况发生了变化。袁希涛致电江苏省教育会副会长沈恩孚，表示蔡元培校长辞职出走，各校员生纷纷请留，情势急切，教育部已派沈彭年前往南方当面挽留。袁希涛还告诉沈恩孚，他昨天亲谒总理钱能训和大总统徐世昌，他们均嘱教育部迅速设法挽留蔡元培。因此，他请沈恩孚一旦见到蔡元培，务请转达总统徐世昌、总理钱能训及教育部的意思，请蔡先生从大局考虑，早些回京。
13日，北京各校教职员联合会派出九名代表到总统府请愿。其他各高等学校校长也相率辞职，以示声援。晚九时，北京大学评议会和教授会联合会议一致决议请蔡元培回校，以为蔡先生回校复职为维持大学唯一方法。
北京教育界局势令人焦虑，而蔡元培行踪毫无消息。代理教育部事务的袁希涛心急如焚，13日再致电沈恩孚，诉说难处。第二天，大总统徐世昌发布指令，表彰蔡元培对中国教育的贡献，希望蔡先生值此困难时期，妥筹善后，认真擘理，挽济艰难。
大总统出面当然是给蔡元培保全了面子，同时，既然大总统出面挽留，也必须保证大总统不能太没有面子，何况此次挽留并不是政治高层一致。所以，袁希涛在15日又密电黄炎培，请其无论如何也要劝说蔡先生不要节外生枝。
袁希涛的担心并非多余，随着蔡元培出走，全国教育界人心惶惶，甚至还有商界人士也介入了这场冲突，均以为政府之所以并不真诚挽留蔡元培，主要还是因为蔡先生成为新思想的象征，政府竟不容思想界有一线生机，竟不容世界潮流有一分输入。“夫蔡先生去，则大学虽存犹死；大学死，则从此中国之学术界，尽入一二有权威者掌握之中，而学界前途遂堕于万劫不复之境。岂惟蔡先生一人、北京大学一校之关系，中华将来之文明，实将于此决其运命。”
义在必辞
教育部，或者说袁希涛，挽留蔡元培、化解僵局是真诚的，这份真诚感动了北京教育界领袖。5月16日，北京国立各高校校长陈宝泉、洪镕、金邦正、汤尔和等人联名致电蔡元培，请求蔡先生重新考虑先前辞职立场，不要把门关死。面子固然重要，但是也要适度，不要因一人之选择影响教育界整体利益，以为教育界留一生机。陈宝泉等人还表示，他们之所以没有用辞职声援蔡先生，主要是因为责任所系，方才出来协助政府维持各校。这样做并不意味着与蔡先生的选择有什么不一样。
大总统徐世昌已发布了挽留指令，教育部已派员当面挽留，代理部务的袁希涛更是三番五次通过私人关系表达善意，但蔡元培依然不为所动。从他个人尊严、大学尊严的立场看，他现在当然还不好径自回去复职。因为，在蔡元培的感觉中，政府中的个人或许是真的挽留他，但这种挽留带有某种程度的勉强或不情愿。蔡元培认为，他现在回校复职很可能使北大师生乃至全国教育界大失所望，因为教育界与政治界的纠纷由来已久，政治界对教育界的干预日甚一日，始终没有分出输赢。蔡元培这次大概有点得理不让人了，他真希望以自己的牺牲为教育独立、教育自主赢得更大空间，所以他在各方挽留声中毅然坚守辞职的立场。
能否复职牵动时局
蔡元培的坚守使事情陷入僵局。16日，北京各高校教职员联合会推举代表前往教育部与袁希涛会晤，商酌与教育部所派南下挽留蔡元培的代表一起出发。在北京大学内一贯反对新文化运动，自称与蔡元培“志不同道不合”的教授黄侃，竟然也因蔡元培辞职而表示辞职。黄侃的理由是：“环顾中国，除蔡元培，亦无能用余之人。”既然蔡元培不愿回来，我黄侃也就不必待在北大这个破地方了。
