1919年5月8日，北大校长蔡元培在兑现营救被捕学生的诺言后，悄然留下一封辞职书，于第二天早晨携北大总务处职员段子均离开北京，经天津至上海转杭州，借寓杨庄。至此，五四运动进入一个新阶段。
章门弟子
蔡元培的不辞而别，在北大迅即引发一场权力冲突。9日一大早，北大会计黄幼轩在第一时间将蔡元培出走的消息告诉北大教授沈尹默。黄幼轩之所以知道蔡元培的行踪，是因为他是蔡校长的郎舅。
沈尹默闻言大惊，旋即与马裕藻、钱玄同、周作人等教授计议。马裕藻等人不知所措，而沈尹默则沉着地告诉他们说，这是蔡先生信任我们，他走了，学校要靠我们大家维持下去。大家想想这话对，就开评议会商量，于是评议会掌握了学校实权，对外行文，决定以北大全体学生的名义呈请政府挽留蔡元培，学校日常事务由评议会负责。沈尹默俨然成为北大实际负责人。
沈尹默，原名君默，原籍浙江吴兴，生于陕西汉阴。从籍贯上说，他与蔡元培、马裕藻、马叙伦、钱玄同、周作人等教授是浙江老乡，与钱玄同是湖州小同乡。1905年，沈尹默与其三弟沈兼士自费留学日本，后因家境困难，不到一年就返回国内，而沈兼士考取日本铁道学校，留日攻读，并成为章太炎在日本的弟子。
或许是因为沈兼士的缘故，沈尹默回国后也被学术界视为章门弟子，而章门势力如日中天。特别是严复辞去北大校长后，相继代理北大校长的何煜时、胡仁源等都是浙江人，都信服章太炎的学问，所以相继将章门弟子引进北大，北大一时间成为章门天下。当此时，沈尹默因章门关系到北大担任教授。
严复职掌北大时，因个人爱好和人际关系比较重视“桐城派”人物，一批“桐城派”学者到北大任教。而待到严复离职，浙江人主政，“桐城派”势力在章门弟子紧逼下逐步萎缩。章门弟子在反对“桐城派”或其他派别时高度一致，他们认为严复所用人物都已过时，应该让位，北大讲堂应该由章门弟子去控制。
然而当章门弟子在北大一统江湖后，其内部裂痕便显现出来。一般说法，北大章门弟子大致分为三个派别：一是以大弟子黄侃为首的守旧派，这一派的特点是凡旧皆以为然；第二派是以钱玄同、沈兼士为代表的开新派，钱玄同自称“疑古玄同”，其意可知；第三派是以马裕藻为代表的中间派，两边都不得罪，依违两可，皆以为然。
几人欢喜几人愁
沈尹默不是章门弟子，但由于沈兼士的关系，他与章门弟子相处融洽，而且由于他在北大资历比较深，且足智多谋，有“鬼谷子”之号，所以北大章门弟子很多时候也把沈尹默当作掌门人看待，愿意听从沈尹默的安排和调遣。至于他的“鬼谷子”之号，正面呢，是说他反应敏捷，有决断善思考；反面则暗指他是一个阴谋大家，他后来被汤尔和等人排斥出局，与此可能有直接关系。
当蔡元培入主北大时，沈尹默、汤尔和等人都有拥戴之功和犬马之劳，尤其是沈尹默在蔡元培到校不久，就贡献出三条锦囊妙计：
一、北大经费要有保障。
二、按照北大章程规定组织评议会。沈尹默的理由是：评议会在北大章程中原本有规定，但教育部始终不许成立，因为有了评议会，教育部的指令就不那么容易直接下达。也正因为如此，对北大久远发展而言，评议会更加重要。有了评议会，北大发展就不会政随人亡；即便在平时，也可以评议会的力量抗衡行政权力的无端干预。
三、规定每隔一定年限，派教员和学生到外国留学。
这三条建议中，以成立评议会为最重要，所以当蔡元培愤而辞职，离京出走后，沈尹默先是一惊，继则一喜，因为这终于可以试验评议会的功能与效率了。
沈尹默主持评议会代表北大师生向政府提出挽留蔡元培。教育部在第二天（5月10日）给予不太积极的回应，反而要求北大评议会应该严厉管束北大学生，不得罢课。这使沈尹默和北大师生略感不快。
