1901年新政开始后，整军经武又一次提上清政府政治日程。1903年，清政府在中央政府层面设置练兵处，以庆亲王奕助为总理，袁世凯会办。1905年，练兵处制定陆军军制，各省设立督练公所，准备用十年或更长时间在全国编练新军三十六镇，每镇包括步、马、炮、工程、辎重等兵种，每镇总人数为一万两千人，有统制率领。镇下分为协、标、营、队、排、棚，其首长分别为协统、标统、管带、队官、排长等。新军中下级军官由各省武备学堂毕业生充任，间有少量留学归来的军事人才。新军士兵采用募兵制，对身体、文化及生活习惯、品行等方面都有比较高的要求，但凡有不良嗜好者一律不得入伍，一经发现立即清除。这确实是一支近代化军队，是大清国的柱石，只是谁也想不到这支花了无数银子训练的新军，竟然在1911年秋天动手埋葬了大清国。
到了1911年的时候，清政府训练的新军已编成十三镇。北洋新军为中央军，亦称国军，即国家的军队。北洋新军占全国三十六镇中的六镇，即六分之一。各省新军为地方军，由张之洞一手训练的湖北新军就属于地方军系统，最先编为湖北常备军左右两翼。1905年整编为两镇，分别由张彪、黎元洪任统领。翌年又按照中央练兵处全国新军三十六镇统一规划，湖北新军第一镇改番号为督练第八镇，第二镇改番号为暂编第二十一混成协（相当于旅）。第八镇的统领还是张彪，暂编第二十一混成协，协统还是黎元洪。
价值与问题
从理论上说，所有的新军不论北洋新军，还是地方新军，都是国家柱石，属于国家，然而大清国的可悲之处在于这个理论始终没有真正贯彻，结果所有的军队不是忠于国家，而是忠于皇上忠于最高统治者，忠于那些统帅和将领。在某种意义上说，新军成为私人武装，而非国家柱石。这就是后来武昌起义得以发生的关键。
军队不属于国家而属于皇帝，当然有它的好处，有利于皇上对军队的直接控制，有利于培养军队将领的忠诚。比如在1898年政治风波中，谭嗣同曾夜访袁世凯，希望袁世凯能够出于大义，动用军队包围颐和园劫持慈禧太后。袁世凯就此说了一番话，可以看出军队忠于最高统治者的好处。袁世凯说，我平时训练军队总是教以君臣大义，总是告诉他们皇上和皇太后如何伟大，你谭大人现在让我去命令他们将皇太后抓起来，我这个命令一下达，他们很可能就先将我袁某人给抓了起来。袁世凯的说法证明军队不在政治上保持中立的好处。
然而问题在于，军队不属于国家，不在政治上中立，军队在训练军事的同时，总是进行政治上的灌输，这势必导致两个相反的后果：第一个如前所说，你可以向军队灌输皇上、皇太后如何伟大如何英明，我们应该忠于皇上忠于皇太后。经过长时期灌输，军队官兵当然会信这一套。但是这种灌输无疑打开了另外一扇方便之门，那就是你可以灌输忠于皇上忠于皇太后，革命党人就可以在军队中宣传皇上和皇太后都不是东西，腐败堕落，罪大恶极，是革命的对象。于是这第二个后果，就是湖北新军在武昌首义之前几年间的真实情形。那时湖北新军中流行着一种对国家政治普遍的关心、关爱和忧虑，特别是中下级军官和士兵对官方的宣传总是有点不信任，总是不能抵消革命党人的宣传。久而久之，原本为大清国柱石的新军，开始对大清国产生了严重的不信任和深刻怀疑，终于起而发难，推翻了这个原本由自己效忠的体系。
还有一个值得注意的问题是，不论是新建陆军，抑或是自强军，还是后来的新军，其建军的目的都是为了大清国的国防力量，其最初目的是为了向日本复仇，是用于对外战争，然而在1900年义和团战争中，在1904年日俄战争中，大清国都没有机会将新军用于对外进攻或防卫。这样一支经过精心训练的新军一直没有对外战争的机会。当然，不论是否有对外战争的机会，国防军的功能是不应该改变的，其职责只能是对外战争，通过对外战争维持国家和平，这是国防军的唯一责任。但是，十几年的和平发展，清政府的急功近利、掉以轻心，始终没有去规范新军的功能，始终对新军抱有一种政治上的额外期待，总是想着将这支重要的力量用于国内政治，于是你可以将这支军队用于维护朝廷，我就可以动用、煽动这支军队反对朝廷。一旦军队介入了国内政治，这个国家实际上就被军人所把持所操纵。所以真正的民主国家、近代国家，绝对不允许军队介入国内政治，不论国内政治如何发展如何危机，军队都必须保持政治上的中立，政治只能是政治家的事情，绝对不允许政治家借助于军事力量去解决和平变革中的问题。在1898年的政治危机中，康有为、谭嗣同试图动用袁世凯的军队去搬掉和平变革中的绊脚石，这场政变虽然被机警聪明的慈禧太后所粉碎，但慈禧太后还有光绪帝并没有从这场未遂政变中汲取必要的教训，没有将军队性质重新定位。相反，新军中不论北洋系中央军，还是各地督抚的地方军，大家都竭力期待军方领导人的支持，在1901年之后的十年新政中，许多军方领导人就是大清国最优秀的政治家，这在很大程度上种下了1911年中国大革命的种子。这对民主革命来说固然是一件幸事，但从近代民主民族国家的建立来说，未免还差十万八千里，也为后来的政治纠纷预留了巨大空间，其遗害绝对不应该低估。
新军将士对政治的酷爱，是一把双刃剑。正面的当然有助于国内政治改革，从新政到预备立宪，新军将领大都走在时代前列；其负面，就是这支军队没有得到很好的职业化训练，不太明白军队在国家政治生活中应该把握的权力分际，因而等待政治危机发生时，往好的方面说，新军应该有助于化解危机，恢复秩序；从坏的方面想，军队也极有可能倒戈，成为朝廷的敌人。
