评议会为协助校长调查、策划大学内部组织事务起见，又议决成立一个“组织委员会”，定额九人，由校长指认，并征求评议会同意。蒋梦麟是这个组织委员会的委员长。按照简章规定，组织委员会的主席为校长，但校长不能出席时，则由委员长出席。组织委员会成立后，首先负责修改完成《国立北京大学内部组织试行章程》，规定了北京大学组织管理的基本模式，即校长为大学最高领导；评议会为大学立法机构；大学行政由行政会议负责，其组成方式由各常设委员会委员长组成，校长为当然议长，教务长为当然会员，总务长为当然会员兼书记，协助校长，推行全校大政；各常设委员会有组织委员会、预算委员会、审计委员会、聘任委员会、入学考试委员会、图书委员会、庶务委员会、仪器委员会、出版委员会、学生自治委员会、新生指导委员会等。各委员会成员由校长指定，但明确规定以教授为限，显然这是为了实现教授治校的理想。
蒋梦麟首创的行政会议有点类似于西方民主政体中的行政机关。行政会议及各委员会之委员由校长推举，经评议会通过，一半采纳民主的意思，一半采取效能主义。行政会议操全校行政之权，负责全校日常事务。
教务会议组织体制为仿欧洲大学制，其功能主要是司学术。教务会议之成员由教授互选，亦取民主之义。教务会议的执行机构为教务处，各系主任互选教务长一人，处理日常事务。
总务处的设置是仿照美国的市政制，司事务。总务长及总务委员为校长所委任，纯采效能主义。盖学术重民主，事务重效能。总务长操全校事务之权，负责处理校中庶务。原体制中的各处室也有所调整，使之成为一个系统化的有机体，共分设校舍、杂务等十三科。其组织，合数科为一部，以总务委员长之，曰某部主任。
现合校舍、杂务、斋务、卫生四科曰庶务部；合介绍、询问、注册、编制四科曰注册部；文牍、会计两科，直隶于总务长；出版、图书、仪器等各自立一部。
在北京大学一系列组织系统中，蒋梦麟担负着一系列重要的角色，除总务长外，还兼任文牍、会计部主任，预算、聘任、学生自治以及修改预科课程等委员会委员。尤其是总务长一职，自北大改组以后，所有行政上一切事宜，均由总务处负责，而取决于总务委员会。该会规定每星期一会议一次，并规定时间为下午4时至6时半。只是从实际情况看，有事稍长，无事则短。不过从总体上说，每次时间都相当紧凑，时间虽不长，但对于校内一切事务，多所整顿。
在蒋梦麟主持完成的这一系列改革中，其基本精神就是要北大能够走上教授治校的道路，从而实现学术自由、教授治校的现代教育理想和教育理念，使大学真正成为不受政治干扰，相对独立和自主的学术机关，并以无畏地追求真理作为治校的基本准则。
自从到了北大之后，蒋梦麟便将自己的生命与北大紧紧地联系在一起，他每日所思所想，实在都是如何建设北大的事情。只是碍于经济及政治环境方面的困难，蒋梦麟的许多理想并不曾实现。他理想中的北大一定是世界第一流的大学，一定是要在世界教育、科学方面占有重要地位的高等学府。因此他在录取新生时便格外重视学生的素质和质量，不愿以数量牺牲质量。他在1923年9月北大开学典礼上说，今年新生投考的几近三千，学校里只取了一百六十余人。外面因为我们取得太少，有许多误会和责难。其实我们录取新生，标准为重，不甚拘守定额。
