北大秩序得以恢复，有蒋梦麟的功劳。蒋梦麟付出了很多代价，吃了很多苦头。他在当年8月写给张东荪的一封信中描述这一过程时说：“我21日到北京以来，吃了不少的苦，好像以一个人投在蛛网里面，动一动就有蛛子从那屋角里跳出来咬你。唉！若无破釜沉舟的决心，早被吓退了。人人说市中有虎，我说我任凭虎吞了我就罢了；没有吞我以前，我不妨做些做人应该做的事。我记得王守仁有句话：‘东家老翁防虎患，虎夜入室衔其头；西家儿童不识虎，执策驱虎如驱牛。’我又记得‘四书’里有句话：‘不伎不求，何用不臧？’我本了这个精神，向前奋斗，过了半月，诸事已有端倪。我对于校内校外帮我忙的人，终身感激他们——他们不是帮我的忙，是帮中华民国的忙。现在大学里面，教务、事务都积极进行，新生取了四百人，上海投考的结果亦已揭晓，取了九十一人。下半年的课程，已经起首安排。教职员方面，精神一致，都天天兴高采烈地做事。你若来看一看，必以为大学这回并没有经过什么风潮。学生方面更不必说了，这班青年，个个是很可爱的。并不是说空话，我实在爱他们。他们对我说，此后他们要一心尽瘁学术，定要把这个北大成了中国的文化最高中心；这班青年的眼光是很远的。我有一句话，要给在上海的诸位先生讲，北大学生是全体一个精神的，并没有分迎甲、迎乙的派别。”
一个字：容
暴风雨过去，乌云渐散，霁日重现。在各方力量积极协助下，初到北大的蒋梦麟比较顺利地开展了工作，从而为蔡元培重回北大创造了条件，提供了可能。9月12日，蔡元培在各方期待下，重返北大复职视事。在此后的日子里，蒋梦麟便以总务长的身份协助蔡元培对北大进行整顿和改革。
作为教育哲学家杜威的门生，蒋梦麟对现代教育有相当深入的研究，他在主编《新教育》时所发表的那些文章，足以表明他的现代教育理念和理想。现在的问题是，他如何将这些理念和理想用在北大的实践上。他认为，正像西方的谚语所说的那样，“旧瓶不能装新酒”。作为新思潮的发祥地，北大既有新精神，便不可不有新组织。犹如有了新酒，不可不造一个新瓶。在他的主持下，北大创设教务、总务两处及聘任、财务等委员会，均以教授为委员。蒋梦麟自任总务长，顾孟余任教务长。
根据教授治校的原则，蒋梦麟于1920年将原有的评议会职能扩大，与行政会议、教务会议、总务处并称四大部。评议会司立法，行政会议司行政，教务会议司学术，总务处司事务。教务会议仿欧洲大学制，总务处仿美国市政制，评议会、行政会议为北大首创。
按照组织规定，评议会委员由教授互选，教务长、总务长以及各院院长为当然会员。在教授的互选中，约五人中举一人，取民主之义。北大当时有教授八十余人，举评议员十七人。校长为评议长。评议会的功能，简单而言相当于民主政体下的立法机关，为学校最高立法机构。举凡校中章程、规定，均需经评议会通过。评议会有权制定各项规程，授予学位，维持学生风纪。
