对于国民政府的这项安排，蒋梦麟起初并无意接受，他的顾虑是北大此时经费枯竭，已到了不可收拾的地步；教授们兼课太多，严重影响了教学质量。而经费枯竭，使学校经费中十之七八都用于支付教职员工的薪水，更无多少款项来添置书刊资料及仪器设备。在这种恶性循环的大背景下，又怎样能够将这所颇负盛名的大学办好呢？
对于蒋梦麟的这种顾虑，他的一些朋友尤其是傅斯年、胡适等人心中相当清楚。傅斯年对于北大向来热心，于是找胡适商量，如何能筹到一笔款项来帮助蒋梦麟重整北大。经过他们二人与中华教育文化基金会董事顾临详谈，决定由中华教育文化基金会与北京大学每年各出二十万元作为合作特别款项，用于设立研究讲座、专任教授以及购置图书、仪器的费用。
中基会的援助计划使蒋梦麟信心大增，使他有可能放手进行整顿，在全国挑选教授与研究人才。对于那些平庸的教授，蒋梦麟大胆辞退，他明白告诉各学院长说：“辞退旧人，我去做；选聘新人，你们去做。”由此可见蒋梦麟的魄力与担当。
有了中基会的经费支持，蒋梦麟有可能聘请到最好的教授，经过一段时间的调整，北大的教授队伍相当整齐，第一批聘请的研究教授有汪敬熙（心理学）、曾昭抡（化学）、冯祖荀（数学）、许骧（生物学）、丁文江（地质学）、李四光（地质学）、赵乃抟（经济学）、周作人（中国文学）、刘复（中国文学）、徐志摩（外国文学）、陈受颐（历史学）、汤用彤（哲学）；稍后续聘梁实秋（外国文学）、叶公超（外国文学）、江泽涵（数学）、萨本栋（物理学）、饶毓泰（物理学）、朱物华（物理学）、张君线（政治学）、吴定良（统计学）、葛利普（地质学）、斯伯纳（数学）、奥斯谷（数学）等，皆为一时之选。
在解决了北大的经费问题之后，蒋梦麟在胡适等人的配合下，对北京大学的行政和教学制度做了很大变更，拟订了北大长期发展计划，明确“教授治学，学生求学，职员治事，校长治校”的基本方针，并以此方针改变了学校原来的一些制度，规定北京大学以研究高深学术、养成专门人才、陶融健全品格为职志。在学校的组织系统方面，蒋梦麟改文法理三科为文法理三个学院，实行学院制，全校共设十四个学系。文学院先由蒋梦麟兼任院长，后聘胡适担任；法学院和理学院分别由周炳琳、刘树杞担任院长。改文学院之英文、法文、德文、东方文四系为英、法、德、日文四组，合称外国语文学系。
北大这次革新的要点在于教师的挑选，蒋梦麟的基本想法是对教师只看学术上的贡献，以期将最理想的阵容摆在北大，从而使北大面貌焕然一新。1930年以前，军阀连年混战，教育经费积欠严重，教职员长期以来生活不能得到应有的保障。一个教授在一个学校任课的收入不能维持全家最低限度的生活，于是北大教授中兼课现象极为严重，教育质量受到严重影响。蒋梦麟一方面争取外界财力支持，另一方面切实整顿学校纪律，规定北大教授以专任为原则，在他校兼课者，则薪金较专任者少；在他校兼课较多者，则改任讲师；规定新教授初聘订约一年，续聘订约二年，在聘约有效期内不得中途他去。
