胡熵菜训练定武军原本就是德国人的建议，待袁世凯接手后依然延续这个办法，一切按照德军制度进行，教官也主要是德国人，规模随之扩大至七千人，稍后被编为武卫军前后左中右五路中的武卫右军。这支名义上归朝廷归国家的新建陆军，实际上成了袁世凯的亲兵。
在新建陆军成军同时，署两江总督张之洞也奉旨编练了一支名为自强军的新式军队。这支自强军也是依照西方军队制度进行编练，分为步兵、炮兵、马兵、工兵等十三个营共计两千人。这支自强军后因张之洞回任湖广而交给了两江总督刘坤一，再往后就被袁世凯收编至武卫右军。
1901年新政开始后，整军经武又一次提上政治日程。1903年，清政府在中央政府层面设置练兵处，以庆亲王奕助为总理，袁世凯会办。1905年，练兵处制定陆军军制，各省设立督练公所，准备用十年或更长时间在全国编练新军三十六镇，每镇包括步、马、炮、工程、辎重等兵种，每镇总人数为一万两千人，有统制率领。镇下分为协、标、营、队、排、棚，其首长分别为协统、标统、管带、队官、排长等。新军的中下级军官由各省武备学堂毕业生充任，间有少量留学归来的军事人才。新军士兵采用募兵制，对身体、文化及生活习惯、品行等方面都有比较高的要求。这确实是一支近代化军队，是大清国柱石，只是谁也想不到这支花了无数银子训练的新军，竟然动手埋葬了大清国。
至武昌首义，清政府训练的新军已编成十三镇。北洋新军为中央军，亦称国军，即国家的军队。北洋新军占全国三十六镇中的六镇，即六分之一。各省新军为地方军，而由张之洞一手训练的湖北新军就属于地方军系统，最先编为湖北常备军左右两翼。1905年整编为两镇，分别由张彪、黎元洪任统领。翌年又按照中央练兵处全国新军三十六镇统一规划，湖北新军第一镇改番号为督练第八镇，第二镇改番号为暂编第二十一混成协（相当于旅）。第八镇的统领还是张彪，暂编第二十一混成协协统还是黎元洪。
从理论上说，所有的新军不论北洋新军，还是地方新军，都是国家柱石，属于国家，然而大清国的可悲之处在于这个理论始终没有真正贯彻，结果所有的军队不是忠于国家，而是忠于个人，成为私人武装或卫队，这也为后来的军阀混战提供了借口和机会。
“忠诚教育”是双刃剑
军队属于个人或者属于皇上，当然有它的好处，有利于皇上对军队的直接控制，有利于培养军队将领的政治忠诚。比如在1898年的政治转折中，谭嗣同夜访袁世凯，希望袁世凯能够出于大义调动新军包围颐和园劫持慈禧太后，逼迫皇太后向皇上交权，以便推动政治改革。而袁世凯就以军队平时政治训练中总是教导官兵热爱皇太后忠于皇太后而按兵不动。这不仅是袁世凯的政治智慧，也是新军体制特殊化的好处。
然而问题在于，新军体制一直对官兵进行忠诚教育而不是职业化教育，这种忠诚教育说到底就是一把双刃剑。你可以向军队灌输皇上、皇太后如何伟大如何英明，应该忠于皇上忠于皇太后。经过长时期灌输，军队官兵当然会信这一套。但是这种灌输无疑打开了另外一扇方便之门，那就是你可以灌输忠于皇上忠于皇太后，革命党人也可以在军队中宣传皇上和皇太后都不是东西，腐败堕落，罪大恶极，是革命的对象。于是热衷于政治、忧心于国事的湖北新军当皇族内阁宣布后，当铁路干线国有政策宣布后，尤其是当湖北、湖南、四川等地声势浩大的保路运动发生后，他们觉得作为国家柱石，有责任表达自己的看法，有责任推动政治良性发展。这就是湖北新军发动武昌起义的根本原因。
还有一个值得注意的问题是，清政府不惜代价训练新军的目的原本是为了向日本复仇，是用于对外战争，然而在1900年的义和团战争中，在1904年的日俄战争中，大清国都没有机会将新军用于对外进攻或防卫。这样一支经过精心训练的新军一直没有对外战争的机会。然而不论是否有对外战争的机会，国防军的功能是不应该改变的，其职责只能是对外战争，是与外国维持和平，这是国防军的唯一责任。但是，十几年的和平发展，清政府始终没有去规范新军的功能，始终对新军抱有一种政治上的额外期待，总是想着将这支重要的力量用于国内政治变革上，于是你可以将这支军队用于维护朝廷推动君主立宪，我就可以煽动这支军队反对朝廷进行革命。在晚清最后十年，新军将领确实对清政府倡导的预备立宪贡献极大，许多将领差不多就是那时最杰出的政治领袖。从狭隘的利益和短期目标说，这是成功，是必要，但从长远利益看，这在很大程度上种下了1911年大革命的种子。这对后来的民主革命来说固然是一件幸事，但从近代民主民族国家构建来说，未免还差十万八千里，也为后来的政治纠纷预留了巨大空间，其贻害绝对不应该低估。
