然而现在情况有变，当孙中山听到赵凤昌“开府建基”的建议后，他当然明白这句话的意思是让他“上位”。既然自己可能成为新政府的首脑，他理所当然不愿继续认同宋教仁的内阁制，尽管之前他也认为内阁制是共和国家权力制衡的首选，认为这个权力架构可以使总统不处在权力要冲，只是国家象征，而不会成为各方的攻击目标，且有助于总统选举任期内的权力稳定。
可现在情形不一样了，孙中山可能就要成为新政府的首脑。我们不必从低劣层面恶性猜想孙中山的改变，即便从勇于负责的角度，我们也应该相信孙中山的改变出于至诚。当晚（12月26日），孙中山主持召开同盟会最高干部会议，讨论即将成立的新政府权力架构。孙中山反复解释：内阁制断非目前非常时代所相宜。现在不管谁当总统，都不能既让他去当总统，又想方设法从制度上去怀疑这唯一置信之人。孙中山还表示：我不肯听从各位的意见，自居于神圣赘疣，以误革命大计。这话说得非常坦然，孙中山显然是在向他的同志摊牌：各位如果一定要坚持内阁制，那么请自便，兄弟就不陪你们玩了。
孙中山的态度深刻影响了黄兴，于是黄兴从挽留孙中山的立场上反复劝说继续坚持内阁制的宋教仁谦让，劝说他取消提议。在黄兴等人的施压下，宋教仁从大局着想，表示让步，于是新政府的架构就完全采纳了孙中山的主张，实行总统制。
一个美丽的传说
南京临时政府成立后，南北和谈僵局确实很快被打破，特别是南京临时政府在行政方针上并没有宣传孙中山一直坚持的“驱除鞑虏，恢复中华”等口号，没有提及孙中山一直自诩为其所创的“三民主义”，也没有再提从军政到训政再到宪政三阶段的说法。更重要的是，南京临时政府接受各方建议，同意优待皇室，同意不再像革命年代那样攻击清代历史。这种种举措都为南京临时政府赢得了人心，特别是赢得了新军将领如段祺瑞的认同。段祺瑞或许没有把南京临时政府当作一支重要力量，但他在获得南京方面不再攻击清代历史的承诺后，也愿意有条件地与南京方面结成临时同盟。
根据赵凤昌等立宪党人的安排，南京临时政府之所以是“临时”，孙中山的临时大总统之所以是“临时”，都表明他们只是期望用这个“临时”机构和“临时”人作为过渡，最终将权力转移给袁世凯。这是南京临时政府得以成立的前提，也是黄兴等革命领袖所认同的——甚至可以说最早提出这个方案的就是黄兴和黎元洪。至于孙中山是否清楚这些，尚不能断言，但他肯定知道“临时”的意义。因此，当南京临时政府成立后，孙中山迅即致电袁世凯，表示只要袁世凯劝退清帝，他就立即辞职下野，并遵守承诺，推举袁世凯继任大总统。
当然，我们现在也知道，在南京临时政府存在期间，孙中山也曾想过将“临时”改为正式，他也曾为国际承认做过一些努力，只是列强坚守所谓中立——其实是期待一切都能和平过渡到袁世凯的新政府，所以孙中山的外交努力并没有成效。
至于在财政上，临时政府在赵凤昌等人的建议下，吸纳了相当一部分立宪党人，按理说这些立宪党人只要出力，别说养个人数不多的新政府，即便真的与清政府动刀动枪抗争到底，也不是没有可能。只是这些立宪党人坚守承诺，只把南京临时政府看作“临时的”，一旦发现孙中山有意将“临时”改为“正式”，他们或者果断退出新政府，或者从经济上扼住新政府的命脉。孙中山后来遵守承诺向袁世凯移交权力，虽说维持住了一诺千金的信誉，但实际上也是被逼无奈，不得不遵守先前的承诺而已。
