形势的变化主要体现在两个方面；一是国民党军队进入长春后，自以为加重了谈判的砝码，不愿就此与中共方面和解，进一步提出接收东北的主权问题。5月24日，蒋介石委托宋美龄致信马歇尔，提出“中共应不妨碍或阻止中央政府依照中苏条约接受东北的主权”，“中共应不干涉及妨害中央政府为恢复通车而在全国各地所进行的修路工作。只有这样，中共才能表现其有诚意履行诺言”。二是节外生枝地提出了美方决定权问题，蒋介石声称在停战、军队整编、恢复交通三个问题上，“调处执行部及美方军官对执行及解释国共代表意见不一致的问题有决定权”。
对于蒋介石的节外生枝，中国共产党自然反对，但是为了谋求和平，周恩来于26日在致马歇尔的信中作了最大限度的让步，对于蒋介石愿意停战恢复和平表示欢迎。
马歇尔在收到周恩来的信件后，迅即交给国民党方面，期望中共方面的这些让步能够换来和平，国民党方面能够适可而止。然而，马歇尔这一次又失算了。
马歇尔的失算，主要是因为蒋介石太不守信用。蒋介石在占领长春后并不愿就此罢手，更不愿履行先前的诺言，而是继续向北发动进攻。这样一来，不仅使马歇尔丢掉与中共方面讨价还价的资本，而且蒋介石的做法与马歇尔“稳定关内”、“先南后北”的战略方针相冲突。于是马歇尔不得不向蒋介石施加压力，以争取在东北实行停战。
5月26日和31日，马歇尔在征得杜鲁门的同意后，两次致函蒋介石，指责蒋的行动是自食其言，并要求蒋介石下令国民党军队停止进攻和追击。马歇尔在此期间还和国民党要员多次接触，反复申明中共主力并没有因为撤离长春而受到多大的损失，相反，国民党军队因为战线拉得太长而处于明显劣势。因此国民党如果继续向中共进攻，就有可能失去夺取长春后一度出现的有利谈判地位。
马歇尔的分析在国民党高层引起了相当重视，宋子文、王世杰等人立即将马的意见向蒋介石报告。而此时的蒋介石显然受到战地指挥官乐观情绪的影响，对马的建议和压力并不重视，依然采取拖延方针，继续在东北逗留，避免与马歇尔直接接触。
蒋介石的暖昧态度和拖延战术使马歇尔极为恼火。6月5日，马歇尔决定不再安排美国帮助国民党运输军队和给养，直到东北停战谈判结束为止。蒋介石当天从北平赶回南京，不得已于第二天发布东北停战令。
蒋介石下达停战令后，周恩来于6月7日返回延安，向中共中央汇报谈判情况。国共两党直接谈判因周恩来的缺席而暂停。在这短暂间隙，第三方面公推莫德惠、李璜和梁漱溟拜访马歇尔，征询谋取中国长期和平的意见。马歇尔见到他们很高兴，希望他们和国外的第三方面采取同样的方针，一致行动，督促国共两党谋和，从具体工作中增加国共两党的互信和谅解。
6月9日，周恩来从延安飞回南京。第二天，往访马歇尔，说明中共目前的基本方针是在不丧失基本利益的前提下，竭力争取和平，哪怕短时间也好。但国民党正在召开军事、财政、粮食会议，准备十五天后大打。目前内战的危险日益严重，迫使中共不能不起而抵抗。
14日，三人小组中政府代表徐永昌催问马歇尔与周恩来商谈美方仲裁权问题的情形。16日，徐永昌又代表政府送给周恩来一个备忘录，最后催促中共方面接受美方仲裁权，声言非此不可。同日的上海《大公报》在分析了时局之后说：“综观以上所述，除美方仲裁权外，似乎一切都可商量，并无不能调和之分歧。”美国的仲裁权一时间成为国共和谈的最大障碍。
本来，早在5月26日周恩来致马歇尔的信中，就已对美方仲裁权问题作了原则性说明。信中说：“关于美方军官具有决定权力的问题，我们愿根据阁下前所提议之在各执行小组内，美方代表握有关于调查程序之决定权力一项，继续努力。”也就是说，中共接受美方的仲裁权，但是这种权力必须有所限制。
