张君劢获悉这一消息后，立即向黄炎培、梁漱溟等人通报、商量，他们一致认为，成立中国民主政团同盟的事情暂时仍不能公开，商定在向张群答复时就说每次聚议无非为奔走中共不出席参政会二届一次会议的事，这是秉承最高领袖蒋介石的意志而行事；至于所谓组织，即经蒋介石同意成立的统一建国同志会；所谓十二条，即经蒋介石审查过的同志会之信约；至于宣言，则为秉承蒋介石要他们出来说公道话的责任而拟定的时局宣言。经过这番自圆其说的解释，国民党方面暂时停止了追问。
政府虽然不再迫问，但在同盟内部由于各系势力的利益关系，在同盟的指导思想、办盟原则等方面却发生很大分歧，并对后来的工作产生相当大的影响。作为主席，黄炎培对同盟有自己的想法，他在同盟成立之后不久即向左舜生提出几个要点：
一是同盟对政府采取“协助之义，其有所见，为善意的劝告”，不要作恶意的批评，更不能和政府闹翻；
二是同盟内部各个团体“求充实”，相互之间要理解，要“整个的求团结”，不要互相指责，互相拆台；
三是对同盟之外的友好团体，维持良好关系，“视情态之可能，得就某事件与之合作”；
四是在不违背第一点的前提下，要想方设法与国人及国际相见，使国内外都知道同盟对于国事的主张、苦心与努力。
黄炎培老成持重，应该说他的建议在当时特定的历史条件下，对同盟的未来发展至关重要，有利无弊。
然而据梁漱溟说，在讨论同盟纲领和组织章则时，黄炎培则表现为一种本位主义倾向和过于谨慎。本来，在黄炎培的主持下，同盟十二条纲领通过众议，其间个别文句的修正皆由他一人涂改在草案原本上，并亲自誊写清楚，由入盟者亲笔签名，以示决定。但临到集会签名时，黄炎培突然通知张君劢推迟会期，并写信给梁漱溟主张改约少数人细谈。及改期聚会，黄炎培又提出纲领十二条分别先后发表，个别重要条款宜暂付保留。他在中华职业教育社的同伴江问渔对此做法进一步解释道，如果这些条款立即发表，不啻与当局决裂，在中华职业教育社一面的许多事情必将发生障碍。为了不使职教社的学生失学，工人失业，他们主张应谨慎从事，暂不发表那些对国民党当局过于有刺激性的条款。
黄炎培、江问渔的提议引起一些人的反感，梁漱溟起而责问他们：“既如此，何不早言？几经讨论修改，未闻异议，乃至亲自写定宣读，考虑应周，都无一言。今乃欲推翻成案，岂事理所许？”李璜也说：“江先生所言盖指吾人所背负之包袱；包袱人人皆有，非独职教社为然。欲顾全自己包袱，即不必作政治运动；欲作政治运动，即不能顾全包袱。”最后，黄炎培承认，他们并非对十二条忽生异议，乃顾虑发表之时机不得其当。结果，与会者达成谅解，决定不到适当时机不发表。此事虽然取得了妥协，但也埋下了裂痕和后来失败的种子。
在讨论同盟组织章则时，原草案规定，凡同盟对内对外的重要言论必须经常务委员会多数通过，而以主席及出席委员署名发表。黄炎培提议增加委员有不同意见者可以不署名。对黄炎培的这一提议，梁漱溟表示反对。他认为，在一个组织内少数人理应服从多数人的决议，如果个人单独立异，将无团体行动之可言。黄炎培则强调决不能以多数人压迫少数人。两人争论甚久，最后仍决定采纳黄炎培的意见。
