中央政府同意任命陈敬云为东南宣抚使，统辖闽浙、福建两省军政事务。但是中央并给没有给出陈敬云对国民军所占领的广东东部地区和苏南地区的管辖权，名义上现在的广东都督依旧是陆荣廷、苏南也名义上归属江苏都督管理。
然后很重要的海军归属问题，中央同意海军问题暂时搁置，原属于第一舰队、第二舰队的各舰纳入福州舰队，并且将不久后归国的前清订购舰艇拨入福州舰队，但是后续款项以及中央政府前期用国债支付的造舰款由国民军支付。这一点可以说是袁世凯让了很大一步，这个退步并不是袁世凯所愿意的，但是面对海军众多将领的要求他不得不同意而已，海军将领们的意见很简单，那就是中国海军弱小，必须维持一支统一舰队才能面对未来的海上威胁。
袁世凯虽然想要争霸中国，击败国民军，但是想到现在北洋军既然已经不能够控制海军，手下不过剩下几艘小炮舰，而已经得到风声说那些前往接受军舰的海军军官已经开始接触福州舰队，就算自己不答应的话，那些归国的战舰怕也是要叛变到福州舰队那边去，索性就大方一些，承认事实了事。
“但愿这个陈敬云保存中国海军的种子吧！”
这些利益交换很快就得到了双方的认同，虽然双方的密谈代表在上海签订合约，虽然双方相继发表通电，宣布战争的结束。
国民军第四师开始从扬州撤军，为了遵守驻军数量，国民军第四师撤往杭州、而第五师则是撤往宁波方向，只留下了三个师在苏南，分别是第二师在南京、第七师在镇江、第一师在上海。
北洋军也只在江北保持了第五师和第七师、第二旅撤往滁州、而第五旅则是撤回了徐州。
一时间，双方进行了差不多三个月的战争状态正式宣告结束，而巧的很，一月处黎元洪也是终于率领手下军队把湖北的革命党人的军队全部消灭，虽然黎元洪的实力大受损失，也总算是结束了湖北内战。这几个消息陆续传来，一时间国内各大报纸上都充斥和和平这个字样。
各方人士都高调的赞扬陈敬云和袁世凯的风高亮节，放下成见维持国内的和平。
加上这个时候第一次国会选择也正在慢慢进行中，一时间国内的人和去年清帝宣布退位一样，对未来充满了希望。
但是他们不知道的是，不管是北洋军还是国民军，这一次的停战只是临时而已，他们只所以停战乃是了下一次更大规模的战争进行准备而已，而且下一场的战争已经不太远了。
陈敬云以支持袁世凯当选总统的方式为自己换取了东南宣抚使的头衔，成为了国内第二个宣抚使。而身为江淮宣抚使冯国璋虽然有着宣抚使的头衔，但是却远不如陈敬云的宣抚使头衔意义那么重大。
陈敬云的宣抚使头衔让他有了正式名义来统辖属下的闽浙两省，而不是之前的只能依靠国民军来进行军事统管。
有了这个头衔后，陈敬云立即组建了东南宣抚使府，并在宣抚使府下设：军务部、民政部、财政部、外交部、司法部、工商部、教育部、交通部、监察部。本来是不打算设部的，这是为了避嫌，毕竟用部的话很容易给人造成独立地方政权的印象，而这一点是北洋中央政府坚决反对的，陈敬云要设立这些部门他不管，但是不能大摇大摆的搞一个和中央政府一摸一样的机构，但是为了不给人示弱的印象，同时陈敬云也懒得改来改去，就直接用部了。北洋虽然反对了一二，但是其他省政府基本也都是设部，见陈敬云不搭理中央的反对之后也就不出声了，反正双方都预备着下一次的战争，这些枝节小事暂时也就不管了，等打败了国民军之后，这些东西自然也就没了。
同时陈敬云给袁世凯去电，建议取消各省都督一职，以军政分离，设省长统辖政务，军务由军队系统管理。这本来是陈敬云为了解决闽浙两省内的复杂机构而建议的，但是原始看到这却是眼前一亮，当即大笔一挥就是以中央下令，取消各省都督，设省长管辖一省政府，军务由护军使管辖，两职不得由同一人担任，此举自然是为了分化那些地方军阀的军政大权。
