在肖天健心中，马科只是这一战之中的配角，而孙传庭和吴三桂才是他真正要对付的目标，首先眼下在朝廷之中，最善于用兵的除了洪承畴之外，恐怕就算是孙传庭了，孙传庭此人本事不小，将是他今后完成一统天下的一个重要的阻力，而吴三桂就不用说了，在关外现在除了祖大寿之外，就数吴三桂麾下官军实力最强，如果这一次不能解决掉他的话，那么谁知道这厮一旦逃回山海关之后，还会不会投靠鞑子，当鞑子的走狗，所以这两个人才是他关注的对象，至于马科嘛！等一下收拾他也不迟！
当即参谋部便开始按照肖天健的要求，修改了作战的方案，并且在得到了肖天健的肯定之后，将命令传达了下去。
原来在南乐县的主力，这个时候全部拔营起寨，至于剩下的那些助战民壮和部分预备营的人马，则立即被分派到了南乐县城中，一部分则星夜奉命赶往大名府，增强大名府城内的守御力量，以防在主力撤离之后，大名府因为兵力空虚，会被马科所乘。
于是大军随即便开始按照命令动了起来，一支支人马当即拔营起寨，一队队的开始离开南乐县，以急行军的速度朝着阳谷县方向赶去。
而就在肖天健紧急调动兵马赶往阳谷县的同时，孙传庭也督率着数万大军，已经在朝着阳谷县方向行进了。
对于这一次朝廷和建奴议和，孙传庭可以说是一肚子的不满，觉得朝廷和建奴议和，虽然有情势所逼的原因，但是和建奴议和，终还是大明的耻辱，偌大的辽东就这么割给了建奴，甚至于为了达到和议的目的，连锦州城都不要了，于是孙传庭在得知消息的时候，便立即写了一份奏疏，上奏朝廷，力陈不能和建奴议和，并且弹劾陈新甲这么做是卖国之举，要求圣上严惩陈新甲。
陈新甲其实很冤枉，虽然他是主持这次和议的主要成员，但是毕竟议和的事情是圣上的意思，他只不过是在照崇祯的旨意办事罢了，但是这件事办成之后，他却成了众矢之的，诸臣不敢将矛头指向崇祯，但是却都把矛头指向了他，以至于现如今他在京师之中成了过街老鼠，人见人骂，半夜里朝他院子里面丢大粪的大有人在，朝野的弹章更是如同雪片一般的飞入京师之中，使得陈新甲的名声可以说是一落千丈。
虽然针对陈新甲的弹章很多，但是崇祯也知道这黑锅是陈新甲替的背的，所以并未真的就听诸臣的意见，将陈新甲逮问，反倒是因为陈新甲办成了这件事，对陈新甲更加信任了一些，多少让陈新甲有点宽慰了一些。
但是孙传庭却为此异常的愤怒，几欲辞官不做回家拉倒，为此在十一月间，还写了辞呈，要求辞官，但是崇祯眼下正是用人之际，也知道孙传庭算是一个能臣，虽然在辅南没有能打败刑天军，还丢了大名府和彰德府，但是毕竟他也清楚孙传庭麾下兵马数量不多，而且都是新募的兵马，战斗力很差，打不过凶猛的刑天军也是情有可原，所以对于孙传庭提出的辞官之事他当即便给否定了，并且下旨对孙传庭安抚了一番，令孙传庭继续督师对刑天军进行进剿。
孙传庭这才无奈的留下接着干，但是北面的边军南下之后，他发现对于这些关外的骄兵悍将，他根本无法立即收服他们，一方面他要以尚方宝剑来弹压他们，但是又不敢对他们太过严苛了，毕竟像吴三桂、马科他们这样的军将们，连朝廷的皇帝都不敢轻易的拿他们怎么样，一旦逼的太急的话，这帮骄兵悍将们搞不好就给他来个大哗，朝廷最终还是要拿他这样的文官问罪，也奈何不了这些手握重兵的军将们。
于是在和吴三桂他们汇合之后，孙传庭是软硬兼施，拿出了所有的手段来对付他们，总算是让这帮人听命于他，跟着他赶往了济宁州。
而关外来的这帮军将们，还真就有点不把孙传庭放在眼里，南下之后，沿途便以就粮为借口，时常纵兵大掠地方，抢劫财物甚至妇女，供他们享用，军纪十分败坏，地方百姓为此又遭了一次灾难，无不对官兵们破口大骂，避如蛇蝎，孙传庭虽然也多次得到了消息，可是也只能几次约见吴三桂等将，让他们要约束手下，不要再这么做，否则的话，便会失去民心，迫使更多的百姓倒向刑天贼那边。
可是对于孙传庭的告诫，诸将可以说是阳奉阴违，表面上表示会约束部下的，但是实质上却该怎么干还怎么干，使得孙传庭虽然愤怒，但是却也无可奈何，他也不敢真的就请出尚方宝剑，将这些骄横的战将们给剁了，于是只能睁只眼闭只眼，等今后再想办法收拾他们了。
