除了陆军之外，还有大中皇家海军，在肖天健返回南京之后，肖天健直接抓海军的建设，在他的旨意之下原来松江府和宁波府两地的水军，被大幅度扩编成了六个水营，另外南京城外老郑和宝船场，在肖天健不遗余力的投入之下，也被彻底复建起来，旧的船坞被重新开挖出来，形成了共有六个船坞的造船厂，船坞在重新开挖的时候，也被扩大成了可以承建两千料以上的中型船坞，各种于造船厂配套的比如帆索作坊、铁作、桐油作坊等等，另外还有各种储存材料的木料仓库、麻绳仓库、桐油仓库……等等一干为造船厂服务的设施，也如同雨后春笋一般的被建立起来。
大批各地收罗起来的造船工匠们，被送到中华造船厂安置，同时还招募了两千多学徒工，进入船厂以及船厂辅助工坊之中，一边帮忙打下手，一边学习造船的技艺，每个工匠负责带几个学徒，先以传帮带的方式，来进行授徒，今后这些人便是大中朝扩大各地造船业的基础，用不了五六年时间，只要大中朝资金投入能跟得上，中国将会重新爆发巨大的生产潜能，成为时下世界上的造船大国。
另外在肖天健的督促之下，造船厂九月之后，便停止了全部民船的建造，全力以赴的开始为海军赶造战船，由于技术条件的限制以及备料的限制，现如今这里还造不出太大的战船，仅能建造二百料以下的海沧船，排水量充其量也就是百吨左右，这已经是暂时造船厂能建造的最大的船只了。
至于更大的大福船和福船等，现如今暂时还不能建造，这还不算让肖天健郁闷的事情，更让肖天健郁闷的事情是，在第一艘海沧船下水的时候，肖天健得知消息之后，专程兴冲冲的赶至船厂，观看这条海沧船下水。
海沧船排水量不大这件事也就算了，肖天健可以不计较，毕竟南京船厂刚刚恢复生产时间不久，不能一蹴而就建造太大的战船，但是当问罢了海沧船的性能之后，肖天健真是失望到家了。
肖天健原来并不懂船，穿越来到这个时代之前，他对古代海战也仅停留在看过的一些有限的资料和一些外国的影视方面，以为这个时代的战船，不管中西都是两舷布满了大炮，开到海上拉开战列线对轰，那样的场景实在是令人热血沸腾。
但是当问清楚了眼下他们所造的海沧船的性能之后，肖天健失望的差点下旨把这海沧船给就地拆了拉倒。
原来肖天健问及海沧船的装炮数量的时候，船厂的工匠们告知肖天健，此船只能在船首和船尾装四门千斤弗朗机也就是中型的弗朗机炮，另外船舷两侧，各自只能再装碗口铳那样的小炮，甚至于连炮弹只有四磅多重的，早已被大中军淘汰的大发熕都不敢装，否则的话开炮的时候，后坐力就能把船体震裂导致船只进水沉没。
其余的武备也充其量不过是一些火枪、弓弩、刀剑、灰瓶、喷筒、火砖之类的东西。
肖天健听罢之后才知道，他想的太过简单了点，明代的水师厉害，完全是吹出来的，于是他连忙找人打听有关明代水师战船的事情，仔细了解一番之后，才搞明白，大明的水师战船，到这个时代早已是落后西方太多了。
虽然不能否认中国造船业以前很发达，曾经创造过福船广船、沙船这样的优秀海船，但是船只的结构因为使用肋板，虽然起到了水密隔舱的作用，使得中式船只的抗沉性得到了很大的提高，但是却因为没有坚固的肋骨，造成船只的结构无法承受大炮开火时候巨大的后坐力，另外也无法像西方风帆战船那样，在战船上形成连通的甲板，只能将大炮放置在结构最强的船首和船尾，船舷两侧只能在上层甲板上放置碗口铳抑或是小弗朗机这样的轻型火炮，甚至连大中军陆军已经开始裁撤的三磅炮，放置在船上的时候，都有可能造成开火的时候，甲板破裂的情况。
如此结果让肖天健大为泄气，这充分的说明了中国在这个时代，造船水平和技术都已经开始远远落后于西方国家了。
