当然辽东战事的结束，并不意味着大中朝的军队便可以马放南山、卸甲归田了，大中朝也并未因此便可以就此高枕无忧。
北方亡了一个建奴，但是并不代表着就彻底安定下来，建奴的覆灭，短时间之内也造成了辽东势力的一个真空期，被建奴欺压了几十年的蒙古诸部，在这个时候也开始蠢蠢欲动，开始试图将触角伸入到辽东之地。
对此肖天健和内阁大臣们也很快便有所察觉，随即在天元六年初，肖天健便下了一道谕旨，在辽东成立辽东行省，暂时负责管理辽东之地，蒙古诸部非得到许可，不得擅自进入辽东之地放牧，同时肖天健采纳了内阁的意见，以襄助朝廷剿灭建奴有功的理由，大封积极参战的蒙古诸部以各种官职。
当然在敕封这些蒙古诸部的同时，大中朝也刻意的压低一些大部落的地位，并且没有明确给这些部落划分他们的领地，说白了就是采取了二桃杀三士的办法，让这些蒙古诸部之间因为地盘和官爵的差异，相互之间产生猜忌和仇视。
这种计谋对于汉人来说，根本就是小菜一碟，但是又不得不说，这种办法却是一个行之有效的办法。
当然对于那些在此次辽东之战之中，一些左右摇摆，抑或是坚决的站在了建奴一边的几个蒙古部落，肖天健也没有忘记他们，一手拉一手打，让蒙古诸部明白，今后谁要是再跟朝廷为敌，也会落得这样的下场。
故此在辽东之战刚一结束，他便下旨令蒙古诸部对这几个部落进行讨伐，并且明令必将其灭族，凡是参与对其征讨的诸部，可以瓜分他们的族人充为奴隶，并且可以瓜分他们所拥有的草场，水源，作为战利品。
时之此时的蒙古诸部，内部早已是四分五裂，不过这些蒙古诸部有一个基本的认知，那即是现如今的中原王朝大中朝，已非当年的大明王朝那么软弱可欺，与之相对抗，只能是死路一条，在这两年之中，他们许多部落配合大中军进剿建奴期间，也都见识过了大中军的厉害，故此对于大中朝，现在他们兴不起一点对抗的念头。
除了这些政策之外，肖天健还着令蒙古诸部，将他们部族之中最好的骑兵送至辽东和西北军区服役，并且抽选诸部之中的少年进入到讲武堂抑或是太学院进行培养，目的只有一个，便是通过这些手段，培养蒙古诸部的这些中坚力量国家意识感，久而久之，待到这些人都认同了国家这个概念之后，蒙古诸部一些人再想搞什么分裂独立，于中央对抗，便会失去支持。
另外为了逐步加强对于蒙古草原的控制力，在天元六年开春之后，肖天健再次敕令辽东军区骑兵一师和西北军区骑兵师以及两个步兵师，以及两个两万人规模的劳役营，以刘耀本统帅，携带大量的建筑工具，出大同府前往归化城，重修归化城。
而归化城便是后世的呼和浩特，乃是早年明万历九年的时候，蒙古阿勒坦汗和他的妻子三娘子在这里所筑，因为当时城墙用青砖砌成，远望一片青色，“青城”之名由此而来。蒙古语为库库和屯。明王朝赐名为“归化”。长城沿线的人们为纪念三娘子，将此城称作“三娘子城”。
大中朝之所以选择这里重新扩建归化新城，其目的便是作为今后大中朝深入蒙古草原的桥头堡，此举虽然蒙古诸部有所担忧，但是大中军携刚刚灭掉建奴的大胜之威出关，即便是他们不太高兴，也没多少人敢说个不字。
而一个蒙古部落很显然不太开眼，居然试图阻止刘耀本率部前往归化城，沿途屡次袭扰大队人马，并且杀害了几百名劳役营的劳役，结果马上便招致了刘耀本的铁血报复，刘耀本亲自率领三千多骑兵，在当地蒙奸的引领下，突然间便将这个蒙古部落包围，一天之中，尽屠这个不开眼的蒙古部落全族共两千余人，彻底将这个部落从地球上抹去。
有此例子作为警示，其余的那些生活在漠南一带的蒙古诸部顿时都老实了许多，纷纷表示归服，再也无人胆敢阻止大中朝新建归化城了。
