可是就在他们的船队抵达廖内群岛一带海域的时候，却再一次遭遇了早已等候在这里的大中朝的舰队。
双方立即便展开了一场大规模的海战，荷兰人方面这一次投入了三十多条战船和武装商船，另外还有几十条小艇。
但是大中朝海军却投入了超出他们一倍还多的战船，双方实力悬殊，虽然荷兰人在海战方面比较有经验，但是数量上的劣势却抵消了他们的这种优势，加上大中朝皇家海军水兵们和他们年轻的不可思议的船长们个个都非常骁勇，而且大中朝的火炮射程和威力也占据着优势，先是双方展开炮战，进而又开始展开接舷战，战斗打得非常惨烈。
经过一天时间的激战下来之后，双方各有损失，但是很明显大中朝皇家海军却掌握着战场的主动权，经过一番激战下来，荷兰人损失了近一半的战船，和几乎所有的小艇，而大中朝也战沉了五条战船和十几条小型斥候船。
最终荷兰人终于坚持不住，主动开始撤出战场，大中朝海军得理不饶人，对荷兰人发动了追击，一直追到了深夜，荷兰人又损失了四条大型武装商船之后，才得以脱离了大中朝海军，逃回了巴达维亚。
但是没成想中国舰队的年轻指挥官郑森，在获得海战的胜利之后，却得理不饶人，并未就此率领船队撤回巴淡港休整，而是令受损比较重的船只先行返航巴淡港，其余的船只在他的旗舰率领下，居然愣是追到了巴达维亚港。
郑森这个家伙胆大妄为，在没有得到朝廷的准许之下，悍然率领船队抵达了巴达维亚港之后，指挥船队一字排开，先是猛烈炮击巴达维亚港的码头，将好不容易逃回这里的十余条荷兰船只打的是千疮百孔，纷纷挂起白旗宣布投降。
之后郑森便指挥船队开始炮击岸边的炮台，接连摧毁了数座荷兰人在海边的炮台，进而令船队靠近海岸，开始对巴达维亚城进行了长达一昼夜的猛烈炮击。
巴达维亚城只能在大中军舰炮的炮火之中战栗，城内的荷兰人各个都心惊胆战，惶惶如同丧家之犬一般。
最终实在是经受不起大中军舰队的猛烈炮击，巴达维亚总督居然决定投降，派人打出白旗走到海边，要求和大中军舰队指挥官进行谈判。
郑森本来是没有想到要攻占巴达维亚的，他率领舰队过来，主要目的是对荷兰人进行惩戒，使之今后不敢再动马六甲海峡的主意，但是没成想荷兰人居然这么不耐揍，一通炮击居然便打出了白旗。
这个时候郑森率领的船队其实已经是外强中干了，他们先是进行了一场大规模的海战，接着炮击码头和炮台，进而又炮击巴达维亚城，船上所携带的弹药其实已经告罄，本来郑森已经准备下令掉头返回巴淡港补充弹药了，可是没成想在这个时候，荷兰人居然打出白旗投降了！
这一下郑森可就高兴坏了，当即下令停止撤离行动，派出船只赶回巴淡港招呼那里的商船立即朝巴达维亚港运送弹药补给，而他则率领船队抛锚在港口外面，继续摆出一副不投降就继续炮击的架势。
然后郑森派出小船将巴达维亚总督接到了他的旗舰上面，双方随即展开了一场谈判，巴达维亚总督可不知道这个年轻的中国船队司令官，是擅自行动的，于是便请郑森提出条件。
郑森思量之后，于是便贸然提出，令荷兰人撤出巴达维亚，将巴达维亚交给大中朝，并且令荷兰人承认马六甲王国的地位，同时还要将荷兰人夺自葡萄牙人之手的婆罗洲也交出来。
巴达维亚总督无奈之下，只能答应了郑森的要求，但是他提出来，他们可以撤走，但是要求大中朝准许他们在巴达维亚保留一个商馆，作为他们在这一带的商业贸易场所，同时请郑森允许他们修好船之后，再离开这里，否则的话他们是无法乘坐这些被打烂的破船驶回到他们在印度的加勒的。
郑森没想到荷兰人答应的这么痛快，于是当即也答应了荷兰人的请求，准许荷兰人修理船只之后再撤离巴达维亚城。
