对于郑家水师方面，大中军采取人船分离的办法，暂时令郑家水师兵将全部登岸，离开他们的船只，由大中朝海军派人接管郑家原有的各式战船，除了准许郑家自行选留下一百条船只之外，其余的船只进行甄选，留下一部分坚固的船只，作为战船补充入海军之中使用，至于剩下的一些不堪作为战船使用的船只，一部分直接拆除，其余可用的船只则准许浙江、福建、南直隶沿海商贾赎买，作为今后通海行商之用。
郑家看准这个机会，又通过出钱赎买的办法，从中买回了一批原属于他们的船只。
不过大中朝也履行了当初和议的条件，在大中军接管泉州府和漳州府之后，对于原属于郑家的财产给予了保护，没有让人侵犯郑家的财产和家族成员，这一点让郑家多少放心了许多。
其实大中朝内部在郑芝龙宣布投降之后，对于如何处置郑芝龙其实是有很大的争论的，以军方为主，许多人提出来即便是郑芝龙投降，但是此人也不足为信，即便是不杀，起码也要将其编管在南京城中进行监视，一旦发现郑家再有反心，便立杀无赦。
但是也有一些大臣以为，大中朝朝廷要讲信义，不能对郑芝龙太过分，采取怀柔手段，逐步的分化郑家集团，使之今后逐步安分下来。
对这样的争论，肖天健听罢之后一笑置之，在他看来，郑家上下此次投降，虽然有很大程度上是被迫的，但是通过这段时间和大中朝对抗下来，郑家上下也都基本上看到了大中朝的厉害，继续与国家为敌，他们今后将会在大陆上再无立锥之地，所以完全没有必要，用什么阴谋的手段来逼迫郑家就范。
而且原来的郑军之中，并非是人人都是郑家的铁杆拥趸者，国家和郑家之间，他们是可以分辨出孰强孰弱的，其中绝大部分人是受到裹挟逼迫，抑或是为了混口饭吃，才在郑军之中做事，现如今郑家请降，整个军心便彻底散了，郑家即便是还拥有一批死忠，但是数量却也有限，已经不足以成为大中朝的心腹大患了。
而且据福建的特情处的细作们探查，郑家虽然生意做的非常大，而且家财也富可敌国，但是郑家主要的基业，却基本上还在泉州、漳州等地的陆上，海上也仅仅是以厦门岛和金门岛以及澎湖为他们的基地，大中朝的海军现如今已经不是一两年前那么虚弱了，经过这一年多来大力发展之下，大中军海军的实力迅速壮大，这一次郑家投顺，虽然郑家可以合法的留用百条海船，但是其余的郑家水师战船却绝大多数交给了大中朝处理，使得大中朝海军的实力更是瞬间暴增，此消彼长之下，郑家的海上力量一下便蒸发了七八成之多，郑家即便是想要再在海上无法无天，把持海上贸易通道，那么在大中海军面前，很快便可以让他们郑家灰飞烟灭。
所以郑家经此一次折腾之后，便已经无法再称为大中朝海上的劲敌了，而且肖天健对于郑家这个大海商也没有想过要将他们就此彻底赶尽杀绝，中国眼下需要这样的海上贸易的先锋，只要保证他们郑家的利益，那么郑家没理由继续作乱下去，肖天健也不想做一个小人，来干这种令人齿冷的事情。
在十一月底的时候，郑芝龙终于带着数十名族亲以及部下来到了南京，一行人怀着惴惴不安的心情，被招入到了宫中觐见。
肖天健也终于第一次见到了这个纵横大海十几年的海上枭雄，让他惊讶的是郑芝龙的年轻，这个中国历史上名动天下的海上枭雄，这个时候居然只有三十多岁，虽然身材不高，但是却长得是相当的英俊。
郑芝龙一进入大殿，便立即带着几个弟弟和族亲跪下口呼万岁，并向肖天健称罪，自陈投顺来迟，请肖天健恕罪。
肖天健看罢了郑芝龙之后，哈哈一笑道：“来了就好，虽然郑爱卿来的稍微迟了一点，终归却并未酿成大错，朕和你有约在先，自不会再怪罪于你等！现如今你等能毅然迷途知返，实乃福建百姓之幸，我大中朝之幸！诸位免礼平身吧！这么跪着说话总是不太方便！来人，给郑爱卿赐座！”
郑芝龙也没有想到肖天健这个大中朝新皇会如此年轻，甚至于比他还要年轻一些，偷眼看一下肖天健，举手投足之间，无形之中散发着一种霸气，这样的霸气绝非是一朝一夕养成的，从他领兵的经验看，非经过血火战场的厮杀，一般人绝难会养成这样的霸气，听着肖天健的话，郑芝龙的心情稍微安稳了一些。
虽然肖天健话中略微带出了一丝对他现在才来投顺有点不满的味道，但是总体上看得出肖天健却还是对他能归顺这件事是比较满意的，现在更是让他平身还赐座于他，这就说明肖天健并没有太多要置他们于死地的念头，这才多少让郑芝龙安心了一些。
不过说是赐座，郑芝龙还真是不敢坐，连连告罪之后，在肖天健的强令之下，郑芝龙才在一个侍卫送过来的锦凳上用屁股挂了点边，坐在了大殿上，至于他那些带来的手下以及族亲，自然是没有他这样的待遇，只能老老实实的低着头，站在大殿下面。
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