随着郑氏集团的投降，对于永历这个南明小朝廷来说，打击是非常巨大的，他们彻底失去了一个巨大的助力，而且海上随着郑氏集团的投降之后，也掐断了他们继续在海上获取财源的可能性。
而大中朝在解决了福建郑氏集团这个大麻烦之后，更是腾出了更多的兵力调入到了广东开始对永历小朝廷发动了攻势。
永历小朝廷的军队在大中军的猛烈进攻之下，只能是节节败退，不断的将他们控制的地盘丢掉，先是整个广东被大中军攻占，进而大中军在年底之前，又攻入到了广西境内。
永历帝眼看广西不保，于是只得继续逃窜，转而在过年的时候，逃入到了云南境内，使得大中军在天元三年二月的时候，便控制住了广西全境，将整个永历小朝廷的势力范围压缩到了小小的云南境内，使得永历小朝廷江河日下，再也无力反抗了。
而肖天健在天元三年三月，下令调集善于在山地作战的各路人马共十万余人，对云南永历小朝廷发动了最后一击，各路人马兵分三路，从广西、贵州、四川三地开始进兵云南。
永历小朝廷的军队根本无法抵抗兵强马壮的大中军，而且云南各地土司也都接到了大中朝的圣谕，告知他们只要投顺大中朝，今后对于他们这些土司会宽以对待，否则的话，大中军一到，必令其灰飞烟灭。
这些土司也都不傻，眼巴前看着大明已经完了，仅剩下永历小朝廷还在最后进行着微弱的抵抗，在云南苟延残喘，大中军兵势之强，也让他们根本无法与之相抗，与其跟着永历小朝廷，在大中军来了之后被灭族，倒还不如倒戈赶紧找一条出路，对于中原王朝的更迭对于他们这些土司来说，影响不算是太大，只要他们表示顺服，今后便还可以继续给大中朝打工，所以云南各地土司在这个时候也纷纷宣布投顺大中朝，并且集结土兵，帮着大中军对付永历小朝廷的军队。
结果是短短三个月的时间，永历小朝廷的军队便纷纷被大中军击溃，降的降死的死，永历帝也不得不卷铺盖继续走人，眼看着中国境内已经基本上都被大中朝控制，他已经是逃无可逃，于是永历帝便在几百名忠心耿耿的侍卫的保护之下，从云南逃入到了缅甸王国境内。
大中朝天元三年五月，云南宣布全境归服大中朝，至此肖天健的大中朝也完成了对整个南方的控制，包括海南岛在内，五月间大批大中军海军在雷州出发，渡海在海南岛登陆，海南岛上的琼州府三州十三县的官员心知无力反抗，于是一个月不到的时间，便纷纷宣布归降大中朝，接受大中朝的统治。
消息传到南京城之后，朝野顿时一片欢腾，每个人都长长的松了一口气，奔走相庆，庆贺大中朝自此之后，总算是可以安稳下来了。
肖天健得知云南和海南岛都被收复的消息之后，也立即开怀大笑了起来，当即便在宫中设宴庆祝，当晚险一些喝的酩酊大醉。
他之所以这么高兴，除了收复了整个南方诸省，平定了永历之乱以外，还有几件事情让他非常高兴。
一个就是去年他下旨筹建的大中朝南京太学院在年后终于在南京城外落成开始授课，第一批从全国各地遴选出了近八百名学子入学，成为了历朝历代规模最大的一次太学招生，而且今后每年还会继续从全国招录同样数量的学子入学，学制四年，四年之后太学的生员数量将会达到三千人的规模，虽然这比起后世任何一座三流大学的学生数量都要少，但是这毕竟是刚刚起步，下一步北京太学院也将开课，招录学子数量也会达到数百人之多，再有几年时间，大中朝缺乏合适官员和专业人才的情况便会大幅缓解下来，为中国今后的兴盛打下了基础。
